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- Imigração em Portugal: contributo dos polimorfismos genéticos para a investigação de parentesco entre supostos familiaresPublication . Carvalho, Mónica; Vieira Da Silva, Cláudia; Dourado, Catarina; Dario, Paulo; Reis, Fátima; Rodrigues, Diogo; Porto, Maria João; Ribeiro, TeresaA solicitação de investigações de parentesco inseridas em processos de imigração, nomeadamente os relacionados com indivíduos que pretendem obter títulos de residência em Portugal, têm vindo a aumentar nos últimos anos no Serviço de Genética e Biologia Forenses da Delegação do Sul (SGBF S) O problema levanta se quando existe um familiar que já reside em Portugal, o qual pretende que outros familiares venham a residir também em Portugal e são apresentados documentos cuja veracidade é posta em causa Neste trabalho, apresentamos um caso em que o Ministério Público pretende confirmar a relação de parentesco biológico existente entre um determinado indivíduo e os seus três filhos registrais do sexo masculino,sendo que apenas dois deles são filhos da mesma mulher
- Investigação de parentesco biológico: a importância de marcadores adicionais em casos de especial complexidadePublication . Rodrigues, Diogo; Vieira Da Silva, Cláudia; Carvalho, Mónica; Afonso Costa, Heloísa; Sampaio, Lisa; Cunha, E; Corte Real, F.; Amorim, AntónioA grande maioria das perícias de investigação de parentesco biológico realizadas pelo Instituto Nacional de Medicina Legal e Ciências Forenses (INMLCF) têm inicio com a ordem do Tribunal para realização da mesma. O mais frequente é o Tribunal dar ordem para nos serem presentes, como intervenientes, um trio constituído por um suposto pai, uma mãe e um(a) filho(a), havendo, no entanto, variações quanto ao número ou tipo de intervenientes, o que pode resultar em maior dificuldade em apresentar resultados com a robustez desejada. Em qualquer dos casos, genericamente, as conclusões possíveis de um estudo de parentesco biológico e mais concretamente de um estudo de paternidade são a exclusão ou não exclusão de paternidade relativamente ao suposto pai em estudo. A conclusão pela não exclusão é sempre acompanhada pela valorização estatística dos resultados, designadamente através do cálculo e apresentação do Índice de Parentesco (IP) e da Probabilidade de Parentesco (W). No caso de uma perícia de investigação de parentesco em que nos seja presente unicamente um filho biológico do suposto pai e um suposto filho biológico, sem possibilidade de estudo das amostras das respetivas mães biológicas nem da amostra biológica do suposto pai, e nos é pedido o estudo sobre a possibilidade de ambos serem filhos biológicos do mesmo pai, a impossibilidade de exclusão da paternidade pode estar associada a valores calculados de IP que podem ser pouco robustos. O ensaio Investigator® HDplex permite o estudo de marcadores genéticos adicionais aos habitualmente estudados na rotina pericial do INMLCF.
- Estudo das frequências alélicas de Short Tandem Repeats (STRs) autossómicos na população de MoçambiquePublication . Victorino, José; Brito, Denise R.A.; Macucule, Paula A.; Dourado, Catarina; Lucas, Isabel; Ribeiro, Teresa; Porto, Maria João; Ribeiro, Ana; Mussá, Tufária; Carvalho, MónicaOs marcadores genéticos Short Tandem Repeats (STRs) são sequências nucleótidicas altamente polimórficas e repetitivas, encontradas no ácido desoxirribonucleico (ADN), que devido à sua elevada variabilidade e ao facto de serem facilmente amplificados por Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), têm sido utilizadas com diferentes fins, nomeadamente, em estudos de genética populacional e de identificação humana. A identificação humana utilizando o ADN é um grande desafio para Moçambique, uma vez que não existem bases de dados genéticos populacionais. Assim, o objetivo deste estudo consiste na contribuição genética para estas bases de dados através da tipagem de 21 loci de STRs autossómicos em dadores dos bancos de sangue de Moçambique.
- Avaliação da eficácia da lise diferencial em amostras biológicas de processos sexuaisPublication . Vieira Da Silva, Cláudia; Sampaio, Lisa; Cunha, E; Corte Real, F.; Carvalho, MónicaEm todos os processos de genética forense, o objetivo consiste na obtenção de um perfil genético identificativo de um ou vários indivíduos intervenientes num determinado processo. Nos casos de abuso sexual, em particular, são recolhidos vestígios biológicos constituídos por sangue, sémen, saliva, células epiteliais entre outros. Acresce ainda nestes casos, que, muitas amostras biológicas, são frequentemente constituídas por misturas muito desproporcionais de material celular das vítimas e dos supostos agressores. A maior concentração de material genético feminino relativamente à concentração de material genético masculino, pode impedir a obtenção de um perfil genético autossómico masculino ou mesmo de mistura. Nestes casos, a identificação do agressor só poderá ser efetuada recorrendo aos marcadores do cromossoma Y, que apenas identifica a linhagem paterna. Outra abordagem para estas situações seria a utilização da extração diferencial, que em algumas condições permite a obtenção de um perfil genético masculino autossómico. Com o objetivo de avaliar uma metodologia recente de extração diferencial em amostras forenses, foram selecionadas, com base nos resultados de quantificação de ADN, 10 amostras recolhidas em processos de agressão sexual. Estas amostras, foram previamente estudadas com os métodos de extração PrepFiler Express™ (Applied Biosystems) e quantificação de ADN com o método Quantifiler™ Trio DNA Quantification Kit (Applied Biosystems). Estes métodos revelaram a presença de uma mistura de material masculino e feminino com proporções de 1:10, respetivamente. O ADN de uma segunda porção destas amostras foi extraído pelo método Sampletype-i-sep® DL (Biotype), que permite a separação de ADN em misturas de material biológico de uma forma simples e com pouca manipulação das amostras, minimizando o erro e a contaminação das mesmas. A avaliação da eficácia do método de extração diferencial foi efetuada recorrendo à determinação da concentração de ADN e à amplificação de marcadores autossómicos e do cromossoma Y. Os dois métodos de extração foram comparados entre si de forma a verificar qual o método que permitiu a obtenção do perfil genético mais discriminativo. A análise dos resultados revelou que este método constituir uma mais valia importante na resolução dos casos de agressão sexual. Assim, um passo importante para a abordagem dos processos de agressão sexual, pode consistir na aplicação de métodos de separação das células espermáticas masculinas das células epiteliais femininas designado por lise diferencial, nomeadamente o método Sampletype-i-sep® DL
- A GEP-ISFG collaborative study on the optimization of an X-STR decaplex: data on 15 Iberian and Latin American populationsPublication . Gusmão, Leonor; Sánchez-Diz, Paula; Alves, Cíntia; Gomes, Iva; Zarrabeitia, María Teresa; Abovich, Mariel; Atmetlla, Ivannia; Bobillo, Cecilia; Bravo, Luisa; Builes, Juan; Cainé, Laura; Calvo, Raquel; Carvalho, Elizeu; Carvalho, Mónica; Cicarelli, Regina; Catelli, Laura; Corach, Daniel; Espinoza, Marta; García, Óscar; Malaghini, Marcelo; Martins, Joyce; Pinheiro, Fátima; João Porto, Maria; Raimondi, Eduardo; Riancho, Jose Antonio; Rodríguez, Amelia; Rodríguez, Anayanci; Rodríguez Cardozo, Belén; Schneider, Vicente; Silva, Sandra; Tavares, Celso; Toscanini, Ulises; Vullo, Carlos; Whittle, Martin; Yurrebaso, Iñaki; Carracedo, Ángel; Amorim, AntónioIn a collaborative work carried out by the Spanish and Portuguese ISFG Working Group (GEP-ISFG), a polymerase chain reaction multiplex was optimized in order to type ten X-chromosome short tandem repeats (STRs) in a single reaction, including: DXS8378, DXS9902, DXS7132, DXS9898, DXS6809, DXS6789, DXS7133, GATA172D05, GATA31E08, and DXS7423. Using this X-decaplex, each 17 of the participating laboratories typed a population sample of approximately 200 unrelated individuals (100 males and 100 females). In this work, we report the allele frequencies for the ten X-STRs in 15 samples from Argentina (Buenos Aires, Córdoba, Río Negro, Entre Ríos, and Misiones), Brazil (São Paulo, Rio de Janeiro, Paraná, and Mato Grosso do Sul), Colombia (Antioquia), Costa Rica, Portugal (Northern and Central regions), and Spain (Galicia and Cantabria). Gene diversities were calculated for the ten markers in each population and all values were above 56%. The average diversity per locus varied between 66%, for DXS7133, and 82%, for DXS6809. For this set of STRs, a high discrimination power was obtained in all populations, both in males (> or =1 in 5 x 10(5)) and females (> or =1 in 3 x 10(9)), as well as high mean exclusion chance in father/daughter duos (> or =99.953%) and in father/mother/daughter trios (> or =99.999%). Genetic distance analysis showed no significant differences between northern and central Portugal or between the two Spanish samples from Galicia and Cantabria. Inside Brazil, significant differences were found between Rio de Janeiro and the other three populations, as well as between São Paulo and Paraná. For the five Argentinean samples, significant distances were only observed when comparing Misiones with Entre Ríos and with Río Negro, the only two samples that do not differ significantly from Costa Rica. Antioquia differed from all other samples, except the one from Río Negro.
- Validação da amplificação direta de manchas de sangue com Yfiler Plus PCR Amplification Kit - resultados preliminaresPublication . Dourado, Catarina G.; Lucas, Isabel; Vieira da Silva, Cláudia; Carvalho, Mónica; Amorim, Antónioanálise de marcadores genéticos do tipo STR (short tandem repeat) é uma das metodologias mais utilizadas em perícias no âmbito da genética forense. Para além do estudo de marcadores autossómicos, também o estudo de marcadores do cromossoma Y é muito frequente, tendo estes especial importância não só em perícias de agressão sexual, como também em perícias de identificação genética individual e no âmbito da investigação biológica de parentesco. A necessidade de resolver as perícias de forma célere, torna fundamental que os procedimentos laboratoriais sejam otimizados no sentido de se realizarem no menor tempo possível, nunca comprometendo os resultados obtidos. Nesse sentido, os kits comerciais de amplificação de STRs têm sido aperfeiçoados de forma a poderem ser utilizados sem necessidade prévia de uma extração de ADN. Atualmente, o kit Yfiler® Plus é o mais utilizado na obtenção de haplótipos do cromossoma Y no SGBF-S, permitindo a amplificação simultânea de 27 Y-STRs (short tandem repeats do cromossoma Y). Para que uma nova metodologia possa ser aplicada na rotina laboratorial do SGBF-S (Serviço de Genética e Biologia Forenses da Delegação do Sul do Instituto Nacional de Medicina Legal e Ciências Forenses), é imperativo proceder à sua validação interna para determinar a sua eficácia e reprodutibilidade, de modo a que possa ser aplicada na casuística forense. O presente trabalho revela os primeiros resultados obtidos no SGBF-S relativamente à amplificação direta de manchas de sangue com Yfiler® Plus PCR Amplification Kit (Applied Biosystems). Foram selecionadas amostras (manchas de sangue) de indivíduos do sexo masculino não relacionados entre si. Estas foram extraídas com Prep-n-Go™ Buffer (Applied Biosystems), amplificadas com o kit Yfiler® Plus e posteriormente sujeitas a eletroforese capilar. As mesmas amostras foram amplificadas de forma direta (fazendo um punch de 0.5mm nas amostras), e sujeitas a eletroforese capilar. Ao analisar os resultados obtidos com o software GeneMapper IDX v1.6 (Applied Biosystems), verifica-se a existência de perfis de qualidade e concordantes entre si, independentemente da metodologia utilizada. As alterações à metodologia do fabricante que foram adotadas, não comprometem a obtenção de resultados válidos, demonstrando a robustez do kit Yfiler® Plus. Assim, os resultados preliminares apresentados são muito satisfatórios, pelo que se deverá prosseguir no sentido da validação desta metodologia e a sua implementação no SGBF-S.
- Results of the GEP-ISFG collaborative study on an X-STR DecaplexPublication . Gusmão, L.; Alves, C.; Sánchez-Diz, P.; Zarrabeitia, M.T.; Abovich, M.A.; Aragón, I.; Arce, B.; Arrieta, G.; Arroyo, E.; Atmetlla, I.; Baeza, C.; Bobillo, M.C.; Cainé, Laura; Campos, R.; Caraballo, L.; Carvalho, E.; Carvalho, Mónica; Cicarelli, R.M.B.; Comas, D.; Corach, D.; Espinoza, M.; Espinheira, M.R.; Rendo, F.; García, O.; Gomes, I.; González, A.; Hernández, A.; Hidalgo, M.; Lozano, P.; Malaghini, M.; Manzanares, D.; Martínez, B.; Martins, J.A.; Maxzud, K.; Miguel, I.; Modesti, N.; Montesino, M.; Ortiz, R.; Pestano, J.J.; Pinheiro, M.F.; Prieto, L.; Raimondi, E.; Riancho, J.A.; Rodríguez, M.B.; Salgado, I.; Salgueiro, N.; Sánchez, J.J.; Silva, S.; Toscanini, U.; Vidales, C.; Vieira Da Silva, Cláudia; Villalobos, M.C.; Vullo, C.; Yurrebaso, I.; Zubillaga, A.I.; Carracedo, A.; Amorim, A.A collaborative work was carried out by the Spanish and Portuguese ISFG Working Group with a PCR multiplex for X chromosome STRs. Markers were selected among those described as polymorphic in humans and that have been used by some laboratories in forensics. Primers and various technical methods were investigated with the aim of optimizing a multiplex for the 10 selected X-STRs. Primer mix stock solutions were sent to the laboratories that were asked to analyse two female bloodstains, taking as reference the genetic profiles from 9947A, 9948 and NA3657 samples. In this work, we report the results obtained by 30 GEP-ISFG laboratories, using this Decaplex, as well as alternative technical conditions that also produced good results.
- X-chromosomal STRs: Metapopulations and mutation ratesPublication . Gusmão, L.; Antão-Sousa, S.; Faustino, M.; Abovich, M.A.; Aguirre, D.; Alghafri, R.; Alves, C.; Amorim, A.; Arévalo, C.; Baldassarri, L.; Barletta-Carrillo, C.; Berardi, G.; Bobillo, C.; Borjas, L.; Braganholi, D.F.; Brehm, A.; Builes, J.J.; Cainé, Laura; Carvalho, E.F.; Carvalho, Mónica; Catelli, L.; Cicarelli, R.M.B.; Contreras, A.; Corach, D.; Di Marco, F.G.; Diederiche, M.V.; Domingues, P.; Espinoza, M.; Fernandéz, J.M.; García, M.G.; García, O.; Gaviria, A.; Gomes, I.; Grattapaglia, D.; Henao, J.; Hernandez, A.; Ibarra, A.A.; Lima, G.; Manterola, I.M.; Marrero, C.; Martins, J.A.; Mendoza, L.; Mosquera, A.; Nascimento, E.C.; Onofri, V.; Pancorbo, M.M.; Pestano, J.J.; Plaza, G.; Porto, M.J.; Posada, Y.C.; Rebelo, M.L.; Riego, E.; Rodenbusch, R.; Rodríguez, A.; Rodríguez, A.; Sanchez-Diz, P.; Santos, S.; Simão, F.; Siza Fuentes, L.M.; Sumita, D.; Tomas, C.; Toscanini, U.; Trindade-Filho, A.; Turchi, C.; Vullo, C.; Yurrebaso, I.; Pereira, V.; Pinto, N.The analysis of STRs located on the X chromosome has been one of the strategies used to address complex kinship cases. Its usefulness is, however, limited by the low availability of population haplotype frequency data and lack of knowledge on the probability of mutations. Due to the large amount of data required to obtain reliable estimates, it is important to investigate the possibility of grouping data from populations with similar profiles when calculating these parameters. To better understand the partition of genetic diversity among human populations for the X-STRs most used in forensics, an analysis was carried out based on data available in the literature and new data (23,949 haplotypes in total; from these 10,445 new) obtained through collaborative exercises within the Spanish and Portuguese Working Group of the International Society for Forensic Genetics. Based on the available population data, a similarity in X-STR profiles was found in European populations, and in East Asian populations, except for some isolates. A greater complexity was found for African, South American, and South and Southeast Asian populations, preventing their grouping into large metapopulations. New segregation data on 2273 father/mother/daughter trios were also obtained, aiming for a more thorough analysis of X-STR mutation rates. After combining our data with published information on father/mother/daughter trios, no mutations were detected in 13 out of 37 loci analyzed. For the remaining loci, mutation rates varied between 2.68 × 10−4 (DXS7133) and 1.07x10−2 (DXS10135), being 5.2 times higher in the male (4.16 ×10−3) than in the female (8.01 ×10−4) germline.
- Avaliação da aplicação do software Euroformix-Casesolver na interpretação e valorização estatística de misturas complexas em casos criminaisPublication . Vieira Da Silva, Cláudia; Ribeiro, Teresa; Amorim, António; Carvalho, MónicaOs Kits comerciais de amplificação de STRs autossómicos para aplicação forense permitem obter informação genética com grandepoder de discriminação. Atualmente os kits mais recentes permitem obter poderes de discriminação que variam entre 1 x 10E18 (para 15 STRs autossómicos) e 1 x 10E26 (para 21 STRs autossómicos). Um número crescente de loci, contribui para que esse poder de discriminação aumente infinitamente. Por outro lado, os desenvolvimentos ao nível da bioquímica têm resultado na deteção de concentrações muito baixas de ADN, tipicamente descritas como amostras com baixa concentração, e posterior obtenção de perfis genéticos em vestígios biológicos, onde há pouco tempo atrás era quase impossível obter esses resultados. A obtenção de perfis genéticos, não pode ser dissociada da valorização estatística da respetiva prova pericial. Existem alguns softwares estatísticos disponíveis, entre os quais o “Euroformix-casesolver” e o LRMix, com modelos de cálculo distintos com aplicação na avaliação estatística dos casos criminais. A principal vantagem do “Euroformix-casesolver”, comparativamente aos softwares disponíveis, consiste na utilização da informação relativamente à intensidade de sinal do produto amplificado (altura em RFUs) e deste modo permite introduzir no cálculo a informação desta variável, avaliada até à presente data, de forma qualitativa. Este trabalho tem como objetivo a comparação de resultados de valorização da prova em casos forenses complexos com o Euroformix – Casesolver e LRMIX Studio. Foram selecionados três perfis genéticos de mistura, provenientes de casos complexos de investigação criminal com perfis genéticos de vítima e suspeito. Pretende-se efetivamente demonstrar que o “Euroformix-Casesolver” é uma ferramenta de cálculo muito eficaz e adequada para aplicação nos casos criminais forenses, sobretudo nos casos de misturas complexas em particular os que envolvem familiares.
- A importância da multidisciplinaridade forense para a decisão judicial num caso de alegada agressão sexualPublication . Heitor, Marta; Ribeiro, Teresa; Carvalho, Mónica; Brissos, Sofia; Costa Lopes, MiguelIntrodução: O crime de violação encontra-se tipificado no artigo 164.º do Código Penal Português, na secção dos crimes contra a liberdade sexual e subentende o não consentimento por parte da vítima e é definido pelo constrangimento, isto é, qualquer meio empregue para a prática de atos de cópula, coito anal, coito oral ou introdução vaginal, anal ou oral de partes do corpo ou objetos contra a vontade cognoscível da vítima. Em situações de alegada agressão sexual recente, é necessária a intervenção dos peritos do INMLCF, IP na realização de perícias médico-legais urgentes, de modo a assegurar com brevidade a observação de vítimas de violência, com o intuito de colher vestígios ou amostras suscetíveis de se perderem ou degradarem rapidamente, que, posteriormente, são enviadas ao Serviço de Genética e Biologia Forenses do INMLCF, IP, para eventual identificação de perfis genéticos distintos do da vítima e que possam vir a ser comparados com os dos arguidos. Em determinadas circunstâncias, é relevante a realização de perícias complementares de Psiquiatria Forense, para aferição dos pressupostos médico-legais para inimputabilidade, avaliação da perigosidade e identificação das caraterísticas psíquicas dos agressores. O objetivo deste trabalho é aferir a importância da atividade pericial forense na decisão judicial de um caso de alegada violação e evidenciar o contributo da sua multidisciplinaridade. Material e Métodos: Consulta da plataforma informática MedLeg para identificação e seleção dos relatórios periciais relacionados com o processo em apreço; Consulta dos relatórios de Genética Forense e dos Autos do processo judicial relacionados com o processo em apreço. Resultados e Discussão: O exame pericial urgente, efetuado no dia da alegada agressão sexual, identificou lesões traumáticas recentes na região genital, tendo sido colhidas amostras biológicas, as quais, mantendo a cadeia de custódia, foram enviadas para o Serviço de Genética e Biologia Forenses do INMLCF, IP. Nessas amostras foram identificados perfis genéticos: um feminino, coincidente com a amostra de referência da vítima e um haplótipo do cromossoma Y, que posteriormente foi coincidente com o do arguido. O arguido, com antecedentes criminais (incluindo violação), foi detido preventivamente, tendo sido efetuada perícia complementar de Psiquiatria Forense que concluiu pela existência de pressupostos médico-legais de imputabilidade e por apresentar um risco de violência moderado a alto. Por fim, o arguido foi acusado e condenado por vários crimes, incluindo violação, na forma consumada e reincidente. Conclusões: No caso em apreço, tornou-se evidente que a execução da perícia médico-legal urgente, o adequado acondicionamento das amostras, o seu processamento pela Genética e Biologia Forenses e a perícia de Psiquiatra Forense, constituíram meios de prova essenciais que fundamentaram a decisão de acusação do arguido e respetiva condenação por crime de violação.