Percorrer por autor "Shastakova, Alena"
A mostrar 1 - 7 de 7
Resultados por página
Opções de ordenação
- Autópsia molecular -identificação de variante genética patogénica em vítima de morte súbita infantilPublication . Fadoni, Jennifer; Shastakova, Alena; Rodrigues, Joana; Mofreita, Vânia; Santos, Agostinho; Amorim, António; Cainé, LauraIntrodução: A morte súbita infantil (MSI) é um fenómeno inesperado e trágico que afeta lactentes aparentemente saudáveis, com menos de um ano de idade, e cuja causa permanece inexplicada mesmo após a realização de uma autópsia médico-legal. As autópsias moleculares surgem como uma ferramenta fundamental neste contexto, complementando as análises tradicionais ao permitir a deteção de variantes genéticas que podem estar associadas a patologias cardíacas hereditárias, distúrbios metabólicos ou outras patologias de difícil diagnóstico post-mortem. Métodos: Durante a autópsia de um bebê do sexo masculino de 7 semanas vítima de MSI, foi colhida uma mancha de sangue, a qual foi enviada ao Laboratório de Análises Clínicas e Médico-Legais acompanhada da requisição para análise de 2 painéis de genes: Arritmias_v1 (62 genes) e Cardiomiopatias_v1 (82 genes). Foi realizada a extração de DNA com o kit PrepFiler Express (TermoFisher Scientific - TFS), e o produto de extração foi quantificado com o kit Quantifiler Trio (TFS). A preparação das bibliotecas, dos templates e sequenciação NGS – Método Ion Torrent (TFS) foi realizada de acordo com as instruções do fabricante. Foram sequenciadas as regiões codificantes dos genes contidos nos painéis de genes requisitados e a variante patogénica encontrada foi confirmada por sequenciação pelo método de Sanger. Resultados e Discussão: Após análise bioinformática e classificação das variantes, a variante c.5125G>A p.Val1709Met no gene SCN5A, encontrada em heterozigotia, foi classificada como patogénica. A variante em questão resulta numa substituição do aminoácido valina por metionina numa posição crítica do gene, a unidade S6 do domínio transmembranar IV. O SCN5A está associado a diversas doenças cardiovasculares, como as Síndromes de Brugada e do QT longo. Esta variante não se encontra presente em bases de dados populacionais, o que reforça a sua raridade. Ferramentas computacionais indicam que esta alteração é provavelmente prejudicial, devido à grande conservação do aminoácido afetado e à natureza significativa da mudança química. Variantes nesta posição já foram observadas em doentes, incluindo casos pediátricos, e estudos realizados com cardiomiócitos derivados de células de doentes mostraram um aumento do corrente tardio de sódio, o que leva a um prolongamento da duração do potencial de ação cardíaco. Conclusões: A identificação desta variante no gene associado a importantes síndromes cardíacas hereditárias, fornece uma explicação genética para a morte súbita deste bebé às 7 semanas de vida. A evidência funcional e clínica disponível indica que a alteração provoca um ganho de função do canal de sódio cardíaco, predispondo a arritmias potencialmente fatais. Este achado reforça a importância da autópsia molecular na investigação da MSI, permitindo não só esclarecer a causa da morte, mas também identificar familiares em risco que poderão beneficiar de acompanhamento clínico e medidas preventivas.
- Deteção de infeções sexualmente transmissíveis -contributo do LAC-ML no contexto de agressões sexuaisPublication . Fadoni, Jennifer; Mofreita, Vânia; Rodrigues, Joana; Franco, Magda; Shastakova, Alena; Magalhães, Jéssica; DE SOUSA MAGALHÃES, JÉSSICA; Correia Dias, Maria Helena; Balsa, Filipa; Cainé, Laura; Amorim, AntónioIntrodução: Os crimes de natureza sexual constituem um grave problema de saúde pública, com elevada prevalência, particularmente entre mulheres, e possíveis consequências físicas, psicológicas e reprodutivas para os sobreviventes. Entre estas, as infeções sexualmente transmissíveis (IST) assumem particular relevância, tanto pelo seu caráter frequentemente assintomático como pelo potencial de causar complicações a longo prazo. A deteção de IST em contextos de agressão sexual é crucial não só para a adequada gestão clínica das vítimas, como também para fornecer suporte probatório no âmbito da investigação criminal. Objetivos: Foram analisadas amostras colhidas no âmbito de casos de possíveis agressões sexuais, com o objetivo de detetar a presença de IST. Material e Métodos: Foram analisadas 59 amostras biológicas incluindo soro sanguíneo (n=49), urina (n=5), e exudados vaginal (n=1), vulvar (n=1), anal (n=1), cervical (n=1) e perianal (n=1), nas quais foram pesquisadas a presença de Chlamydia trachomatis (IgG, IgM, DNA), Neisseria gonorrhoeae (IgG, IgM, DNA), Trichomonas vaginalis (IgG, IgM, DNA), Treponema pallidum (IgG, IgM, DNA), Ureaplasma urealyticum e Ureaplasma parvum (DNA), Mycoplasma hominis e Mycoplasma genitalium (DNA), HIV 1/2 (Ac Totais, Ag p24, RNA), Hepatite B (Ag HBs, Ac HBs, Ac totais, IgM HBc), Hepatite C (IgG), Papiloma virus humano (IgG), Herpes-virus simplex tipo 2 (IgG, IgM), de acordo com o solicitado pela entidade requisitante. Resultados e Discussão: Os indivíduos analisados possuíam idades entre 12 e 72 anos. Todas as supostas vítimas eram do sexo feminino (22 amostras), enquanto 36 amostras eram provenientes de agressores do sexo masculino e 2 do sexo feminino. Nos supostos agressores, foi detetada C. trachomatis (IgG) em 1 indivíduo do sexo feminino e 3 do sexo masculino, incluindo em um desses a deteção de T. pallidum (IgG); e HIV 1/2 (Ac Totais) em 1 indivíduo do sexo masculino. Entre as alegadas vítimas, foi detetada C. trachomatis (DNA) em uma mulher de 73 anos de idade; e Hepatite B, (Ag HBs) numa jovem de 12 anos de idade, sugerindo uma infeção ativa. Estes achados reforçam a importância da investigação laboratorial em casos de alegada agressão sexual, e reforçam a sensibilidade dos métodos utilizados, que permitem a deteção de agentes infeciosos mesmo em indivíduos assintomáticos. Conclusões: A deteção laboratorial de IST em contexto forense revela-se fundamental na abordagem integrada a vítimas de violência sexual, permitindo não só um acompanhamento clínico mais eficaz, como também a produção de informação relevante para fins judiciais. O papel dos laboratórios forenses, como o Laboratório de Análises Clínicas e Médico-Legais (LAC-ML), é determinante na resposta coordenada às agressões sexuais, promovendo uma abordagem baseada em evidência científica, respeito pela vítima e suporte à justiça. Reforça-se, assim, a necessidade de protocolos bem definidos e da capacitação contínua dos profissionais envolvidos neste tipo de perícias.
- Identificação de espécie animal: Métodos de análise nos Laboratórios do Porto do SGBF INMLCFPublication . Lima, Gabriela; Fadoni, Jennifer; Shastakova, Alena; Amorim, AntónioA identificação da espécie em amostras biológicas no âmbito de perícias forenses pode ser muito importante, contribuindo para a resolução de investigações judiciais. É um tipo de análise que se tem tornado mais relevante, principalmente nas investigações criminais que envolvem o comércio e caça ilegal de espécies protegidas, a etiquetagem fraudulenta de produtos alimentares e a análise de vestígios biológicos encontrados em locais de crimes. Para além dos métodos clássicos para a identificação da espécie, baseados em características físicas, atualmente são utilizadas metodologias baseadas nas características genéticas, analisando-se genes específicos, característicos de cada espécie. A análise do ADN mitocondrial (mtDNA) é muito utilizada para a identificação da espécie, por possuir genes que apresentam grande variabilidade entre espécies, mas que se encontram bem conservados dentro de cada espécie, permitindo assim a sua identificação. Os genes do mtDNA mais utilizados na identificação da espécie são o citocromo b (cytb), o citocromo c oxidase sub-unidade 1 (CO1), o RNA ribossómico 12S (12S rRNA) e o RNA ribossómico 16S (16S rRNA). Pretende-se, neste trabalho, apresentar as metodologias disponíveis no SGBF-N para a identificação da espécie. Atualmente, no SGBF-N, a análise da identificação da espécie pode ser feita utilizando dois tipos distintos de metodologias: 1. A análise de SPInDel, que permite a identificação da espécie através da análise de fragmentos que variam em comprimento devido a inserções e/ou deleções, característicos de cada espécie. 2. A análise dos genes do cytb, 12S rRNA e 16S rRNA, utilizando as técnicas de PCR e sequenciação tradicional de Sanger. O SGBF-N tem contribuído de forma significativa para a resolução de casos forenses, permitindo a identificação precisa de materiais biológicos de origem animal envolvidos em contextos criminais e outras situações de interesse pericial. Utilizando as metodologias referidas para identificação de espécie, o SBGF-N já auxiliou na investigação de diversos processos no âmbito forense. Dentro de tais processos, estão a identificação de um fragmento de tecido muscular, encontrado num cemitério, embalado dentro de um saco de plástico e enterrado a cerca de 20cm de profundidade e de um coração encontrado na porta de um posto da GNR. Através da análise da identificação da espécie, o SGBF-N conseguiu dar resposta à questão colocada e identificou tais materiais como pertencendo a indivíduos da espécie Bos taurus (vaca) e Sus scrofa (porco), respetivamente.
- Implementação da autópsia molecular utilizando Sequenciação de Nova Geração (NGS) no Instituto Nacional de Medicina Legal e Ciências ForensesPublication . Fadoni, Jennifer; Shastakova, Alena; Cainé, Laura; Santos, Agostinho; Amorim, AntónioA morte súbita cardíaca (MSC) pode ser causada por diversas patologias cardíacas, e na população jovem, geralmente é causada por cardiomiopatias e arritmias, que possuem uma base genética. Nestes casos, o indicado é que sejam realizados testes genéticos post-mortem, também conhecidos como autópsia molecular, cujo objetivo é identificar a causa genética que levou à morte. A sequenciação de nova geração (NGS) permite a análise de grandes regiões genómicas de forma rápida e gera uma grande quantidade de informação, sendo uma ferramenta eficaz na determinação das causas moleculares que levaram à morte, e na identificação de biomarcadores que devem ser investigados nos familiares diretos da vítima de MSC. O objetivo do Laboratório de Virologia e de Análises Clínicas e Forenses (LV-ACF) do Instituto Nacional de Medicina Legal e Ciências Forenses, INMLCF, foi implementar a aplicação da NGS na análise de amostras biológicas colhidas post-mortem, a cadáveres cuja autópsia médico-legal foi realizada pelo INMLCF e classificada como inconclusiva, com vista a determinar a etiologia molecular de cardiomiopatias e arritmias, utilizando a Sequenciação de Nova Geração para identificar variantes genéticas associadas a estas condições cardíacas. Após a validação dos métodos e dos equipamentos, as autópsias moleculares a partir de amostras colhidas post-mortem pelo INMLCF passaram a ser realizadas pelo LV-ACF, através da utilização de um painel de 62 genes associados a arritmias, e 82 genes associados a cardiomiopatias, num total de 125 genes. Assim, o LV-ACF dotou o INMLCF de capacidade e autonomia no âmbito das autópsias moleculares cardiacas, reduziu custos, possibilitou um maior aproveitamento de recursos, e encetou o caminho para a realização de outros tipos de análises no âmbito da Genética médico-legal, a serem realizadas pelo LV-ACF num futuro próximo.
- Laboratório de análises clínicas e médico-legais do INMLCF: a norma de acreditação aplicávelPublication . Cerqueira, Joana; Fadoni, Jennifer; Shastakova, Alena; Magalhães, Jéssica; Rodrigues, Joana; Mofreita, Vânia; Franco, Magda; Correia Dias, Maria Helena; Balsa, Filipa; Amorim, AntónioA harmonização da acreditação em todo o mundo é essencial para garantir a confiança nos certificados emitidos por organismos de avaliação de conformidade locais (no caso de Portugal, o Instituto Português de Acreditação, IPAC), por parte dos reguladores, consumidores, pacientes e outras partes interessadas que utilizam os resultados dessa avaliação a nível internacional. Este processo inicia-se com a seleção da norma de acreditação mais adequada para uma área de atividade específica. É comum, que para laboratórios de análises clínicas, a EN ISO 15189 seja a norma de referência aplicável, a qual se foca no melhor interesse do paciente, garantindo a obtenção de resultados que promovam um diagnóstico e tratamento, o mais adequados possível. No entanto, e apesar da especificidade da área de atuação do Laboratório de Análises Clínicas e Médico-Legais (análises clínicas), foi considerado pela European Accreditation (EA - associação de organismos nacionais de acreditação por toda a Europa), que todas ciências forenses, em geral, se deveriam regular por uma norma de acreditação única, independentemente da área de atuação em que as várias ciências forenses possam ser integradas. Ficou decidido, por indicação da EA e aceite pelo IPAC, que a norma mais adequada para a acreditação de todas as ciências forenses seria a norma EN ISO/IEC 17025 em todos os laboratórios forenses, onde se inclui o Laboratório de Análises Clínicas e Médico-Legais (LACML) do Instituto Nacional de Medicina Legal e Ciências Forenses (INMLCF). Considera-se que os resultados nestes casos, não visam o tratamento de um paciente, mas sim uma análise forense com finalidade de inspeção. Nestes casos, não haverá nem um diagnóstico, nem um tratamento dependente destes resultados. Mesmo assim, e à semelhança do que acontece em outros laboratórios de análises clínicas, todos os métodos devem ser plenamente documentados, incluindo procedimentos para o controlo de qualidade implementado, assim como validados laboratorialmente, para confirmar a sua adequação ao uso pretendido. Um dos principais objetivos a curto prazo do LACML do INMLCF, é incluir no âmbito da acreditação pela norma EN ISO/IEC 17025, alguns dos métodos/exames realizados no laboratório, mas sempre considerando uma harmonização com a atividade dos laboratórios clínicos em geral e uma melhoria científica contínua, para ser comparável aos seus pares, apesar da norma de referência aplicável no processo de acreditação, ser distinta.
- Validação e implementação do painel Precision ID GlobalFilerTM NGS STR v2 em amostras forensesPublication . Catré, Inês; Shastakova, Alena; Serra, Armando; Bogas, Vanessa; Balsa, Filipa; Lopes, Virgínia; Cunha, Patrícia; São Bento, Marta; Bento, Ana Margarida; Sampaio, Lisa; Porto, Maria João; Amorim, António; Corte Real, F.; Brito, PedroO Serviço de Genética e Biologia Forenses do Instituto Nacional de Medicina Legal e Ciências Forenses, I.P. da Delegação do Centro (SGBF-C) pretende implementar a metodologia de Next Generation Sequencing (NGS) aplicada a Short Tandem Repeats (STRs) autossómicos. Com esse propósito foi realizado um estudo para validação do painel Precision ID GlobalFilerTM NGS STR panel v2 da Applied Biosystems ThermoFisher Scientific. Esta tecnologia permite realizar a sequenciação de um elevado número de fragmentos de ADN por amostra, levando à determinação de um maior número de alelos por marcador genético, não detetáveis através da metodologia usualmente utilizada para STRs autossómicos no SGBF-C. Antes de realizar a implementação de uma nova metodologia na rotina de um laboratório acreditado é necessário testar e validar o novo método. Neste estudo foram selecionadas várias amostras de processos criminais e de processos de parentesco, previamente analisadas por Eletroforese Capilar (EC), pretendendo-se avaliar o potencial desta nova metodologia, nomeadamente através do aumento do poder de discriminação. Durante todo o procedimento foram seguidas as recomendações da casa comercial para a utilização deste painel, com recurso aos equipamentos HID Ion ChefTM e Ion S5TM System. Após a análise dos resultados com o ConvergeTM Software, e realizando uma comparação com os resultados previamente obtidos para EC, foi possível concluir que o painel de GlobalFiler para NGS traz algumas vantagens em relação ao kit GlobalFiler™ PCR Amplification para EC. No entanto, antes da sua implementação, deverão ser realizados mais alguns estudos complementares de validação.
- Vigilância do SARS-CoV-2 em cadáveres sujeitos a autópsia médico-legal em PortugalPublication . Shastakova, Alena; Fadoni, Jennifer; DE SOUSA MAGALHÃES, JÉSSICA; Cerqueira, Joana; Balsa, Filipa; Franco, Magda; Mofreita, Vânia; Correia Dias, Maria Helena; Cainé, Laura; Amorim, AntónioA microbiologia forense desempenha um papel essencial no diagnóstico de causas infeciosas de mortes súbitas ou inexplicadas. Com a pandemia de COVID-19, tornou-se evidente a necessidade de estudos post-mortem para aprofundar o conhecimento sobre a epidemiologia viral, com especial enfoque no SARS-CoV-2. Ao contrário de outros vírus respiratórios, o SARS-CoV-2 não apresenta um padrão estritamente sazonal, embora flutuações nos casos sugiram ondas intermitentes de transmissão, influenciadas pelos níveis de imunidade adquirida e pelo comportamento humano. O vírus apresenta um amplo espectro clínico, desde casos assintomáticos até pneumonia grave e síndrome de desconforto respiratório agudo. O objetivo desse trabalho foi determinar a prevalência do SARS-CoV-2 em zaragatoas nasofaríngeas colhidas post-mortem, antes da execução autópsias forenses realizadas entre abril de 2024 e abril de 2025. No total, foram testadas 1223 amostras para SARS-CoV-2. Antes do processamento, as amostras permaneceram em banho seco a 56 °C durante 30 minutos para a inativação de possíveis patógenos. O RNA foi extraído por via automatizada com o kit EZ1 DSP Virus (QIAGEN) e por extração térmica — aquecimento a 100 °C durante 8 minutos. A reação de PCR em tempo real teve como alvo os genes N1 e E do vírus e o gene humano RPP30/RNase P como controlo interno de fiabilidade. Foram utilizadas sondas marcadas com fluoróforos para deteção dessas regiões genómicas. Valores de Ct inferiores a 35 foram considerados positivos, amostras com Ct entre 35 e 40 foram re-analisadas. Das 1223 amostras testadas, 22 (1,8%) foram positivas para SARS-CoV-2, com idades dos indivíduos a variar entre os 21 e os 98 anos. Distribuição mensal dos casos positivos: abril - 0, maio - 1, junho - 3, julho - 4, agosto - 5, setembro - 3, outubro - 4, novembro - 0, dezembro – 2, janeiro - 1, fevereiro - 0, março - 0. A taxa de deteção de 1,8% de SARS-CoV-2 destaca o impacto contínuo na saúde pública. A ampla faixa etária dos casos demonstra a sua persistente transmissibilidade. A vigilância post-mortem permite identificar casos não diagnosticados em vida, contribuindo para uma melhor compreensão da circulação viral e para a definição de políticas de saúde pública. O rastreio forense reforça as medidas de segurança dos profissionais envolvidos em autópsias e apoia estratégias de gestão de surtos baseadas em evidência. A vigilância post-mortem constitui uma ferramenta essencial para acompanhar a prevalência do SARS-CoV-2. As taxas de deteção observadas neste estudo evidenciam o impacto do vírus em Portugal entre abril de 2024 e abril de 2025. A integração da microbiologia forense na vigilância epidemiológica fortalece a monitorização viral, melhora a preparação em saúde pública e apoia decisões informadas na gestão de surtos.