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- Análise de 26 Loci Y-STR em Amostras da população cabo-verdiana para fins forensesPublication . Costa, Rita; Fadoni, Jennifer; Amorim, António; Cainé, Laura; Cainé, LauraIntrodução Cabo Verde é um arquipélago atlântico cuja população resulta de séculos de migração entre a África subsaariana e a Europa. Esta complexa história demográfica, aliada à forte ligação migratória com Portugal, levanta importantes questões em genética forense, sobretudo devido à sub-representação da população cabo-verdiana em bases de dados internacionais como a YHRD. Os marcadores STR do cromossoma Y (Y-STRs), particularmente os loci de mutação rápida, são amplamente utilizados na investigação forense, nomeadamente em casos de agressão sexual e testes de paternidade. A interpretação fiável destes perfis depende da disponibilidade de dados populacionais específicos. Este estudo teve como objetivo determinar as frequências alélicas, a diversidade haplotípica e os parâmetros forenses de 26 loci Y-STR a partir de amostras de indivíduos não aparentados com ancestralidade paterna cabo-verdiana. Materiais e Métodos Foram analisadas 143 amostras de sangue ou saliva de indivíduos do sexo masculino não relacionados geneticamente, com ancestralidade paterna cabo-verdiana, disponíveis no INMLCF, I.P. Os perfis genéticos foram obtidos através da amplificação por PCR dos 26 loci Y-STR com o kit Investigator® Argus Y-28 QS (QIAGEN). Foram calculadas as frequências alélicas e haplotípicas, inferidos os haplogrupos com base nos haplótipos, e determinados os parâmetros forenses relevantes para avaliação da discriminação e aplicabilidade em contexto forense. Resultados e Discussão Foram identificados 135 haplótipos distintos entre os 143 indivíduos analisados, dos quais 127 eram únicos. A capacidade de discriminação (DC) obtida foi de 0,944, refletindo o elevado poder discriminativo do painel de 26 loci Y-STR. A diversidade haplotípica (HD) foi de 0,999 e a diversidade genética média (GD), calculada individualmente para cada locus, variou entre 0,497 (DYS391) e 0,859 (DYS627). Os haplogrupos Y foram inferidos com base nos haplótipos, observando-se um predomínio de linhagens típicas Africanas (E1b1a e E1b1b), seguidas por contribuições Europeias (R1b), refletindo a ancestralidade mista característica da população cabo-verdiana. Conclusão Estes resultados demonstram a elevada diversidade haplotípica da população cabo-verdiana e confirmam a eficácia dos 26 marcadores Y-STR analisados na diferenciação de indivíduos do sexo masculino neste contexto populacional. A distribuição dos haplogrupos reflete a ancestralidade mista africana e europeia desses indivíduos. A disponibilização dos resultados obtidos contribuirá para reforçar a representatividade da população cabo-verdiana em bases de dados internacionais e para aumentar a robustez das análises forenses e estatísticas em casos que envolvam indivíduos com esta ancestralidade.
- Ausência do pretenso pai: qual a melhor alternativa numa investigação de paternidade?Publication . Dario, Ana Rita; Marques, Fernanda; Carvalho, Mónica; Amorim, António; Dourado, Catarina G.A maioria das perícias de investigação de parentesco biológico, realizadas pelo Serviço de Genética e Biologia Forense (SGBF), são requisitadas por ordem do Tribunal. A colheita de material biológico é realizada aos intervenientes que, habitualmente, consiste num trio constituído por pretenso pai, mãe e filho/a. No entanto, poderão existir alterações quanto ao número e tipo de intervenientes. Em situações em que, por algum motivo, o pretenso pai não está disponível, não são raras as vezes que o Tribunal questiona o SGBF, sobre quais os intervenientes, familiares do pretenso pai, poderão ser envolvidos na investigação, de modo a que os resultados estatísticos sejam mais robustos. Nestes casos, recorre-se frequentemente aos pretensos avós paternos, irmãos do pretenso pai ou filhos do pretenso pai. Assim, quanto maior o número de familiares diretos para o estudo genético, maior será a probabilidade de paternidade que pode ser obtida. O objetivo deste trabalho consiste na análise de uma perícia de investigação de parentesco biológico, com ausência de pretenso pai, mas com a presença de vários familiares deste, e como a utilização de diferentes combinações destes perfis genéticos nos cálculos estatísticos, conduzem ou não a diferenças significativas nos valores de Índice de Paternidade (IP) obtidos. As zaragatoas bucais, colhidas a cada interveniente, foram extraídas com Prep-n-Go Buffer (Applied Biosystems™) e com Chelex® 100 (Sigma-Aldrich®), amplificadas para STRs autossómicos com os kits GlobalFiler™ PCR Amplification Kit (Applied Biosystems™), PowerPlex® Fusion 6C System (Promega Corporation), e Investigator® HDplex Kit (Qiagen) e amplificadas para STRs do cromossoma Y com Yfiler™ Plus PCR Amplification Kit (Applied Biosystems™). A análise de fragmentos foi efetuada por eletroforese capilar no sequenciador automático 3500 Genetic Analyzer (Applied Biosystems™) e analisadas com o software GeneMapper® ID-X 1.4 (Applied Biosystems™). A análise estatística foi realizada utilizando o programa Familias 3. Foram obtidos resultados de IP bem distintos, consoante o tipo de relação biológica dos intervenientes, relativamente ao pretenso pai, utilizados nos cálculos estatísticos, realçando, uma vez mais, a preferência de determinados familiares em detrimento de outros.
- Autópsia molecular -identificação de variante genética patogénica em vítima de morte súbita infantilPublication . Fadoni, Jennifer; Shastakova, Alena; Rodrigues, Joana; Mofreita, Vânia; Santos, Agostinho; Amorim, António; Cainé, LauraIntrodução: A morte súbita infantil (MSI) é um fenómeno inesperado e trágico que afeta lactentes aparentemente saudáveis, com menos de um ano de idade, e cuja causa permanece inexplicada mesmo após a realização de uma autópsia médico-legal. As autópsias moleculares surgem como uma ferramenta fundamental neste contexto, complementando as análises tradicionais ao permitir a deteção de variantes genéticas que podem estar associadas a patologias cardíacas hereditárias, distúrbios metabólicos ou outras patologias de difícil diagnóstico post-mortem. Métodos: Durante a autópsia de um bebê do sexo masculino de 7 semanas vítima de MSI, foi colhida uma mancha de sangue, a qual foi enviada ao Laboratório de Análises Clínicas e Médico-Legais acompanhada da requisição para análise de 2 painéis de genes: Arritmias_v1 (62 genes) e Cardiomiopatias_v1 (82 genes). Foi realizada a extração de DNA com o kit PrepFiler Express (TermoFisher Scientific - TFS), e o produto de extração foi quantificado com o kit Quantifiler Trio (TFS). A preparação das bibliotecas, dos templates e sequenciação NGS – Método Ion Torrent (TFS) foi realizada de acordo com as instruções do fabricante. Foram sequenciadas as regiões codificantes dos genes contidos nos painéis de genes requisitados e a variante patogénica encontrada foi confirmada por sequenciação pelo método de Sanger. Resultados e Discussão: Após análise bioinformática e classificação das variantes, a variante c.5125G>A p.Val1709Met no gene SCN5A, encontrada em heterozigotia, foi classificada como patogénica. A variante em questão resulta numa substituição do aminoácido valina por metionina numa posição crítica do gene, a unidade S6 do domínio transmembranar IV. O SCN5A está associado a diversas doenças cardiovasculares, como as Síndromes de Brugada e do QT longo. Esta variante não se encontra presente em bases de dados populacionais, o que reforça a sua raridade. Ferramentas computacionais indicam que esta alteração é provavelmente prejudicial, devido à grande conservação do aminoácido afetado e à natureza significativa da mudança química. Variantes nesta posição já foram observadas em doentes, incluindo casos pediátricos, e estudos realizados com cardiomiócitos derivados de células de doentes mostraram um aumento do corrente tardio de sódio, o que leva a um prolongamento da duração do potencial de ação cardíaco. Conclusões: A identificação desta variante no gene associado a importantes síndromes cardíacas hereditárias, fornece uma explicação genética para a morte súbita deste bebé às 7 semanas de vida. A evidência funcional e clínica disponível indica que a alteração provoca um ganho de função do canal de sódio cardíaco, predispondo a arritmias potencialmente fatais. Este achado reforça a importância da autópsia molecular na investigação da MSI, permitindo não só esclarecer a causa da morte, mas também identificar familiares em risco que poderão beneficiar de acompanhamento clínico e medidas preventivas.
- Codis and the Portuguese DNA Database: Novel intersections between Biology, Medicine, Informatics, Mathematics, Engineering and LawPublication . Amorim, António; Afonso Costa, Heloísa; Gomes, Paulo Ferreira; Corte-Real, FranciscoAt the scope of criminal and forensic investigations, the criminal authorities, health professionals, and many other intervenients can obtain different kinds of samples with biological material. The study of those samples by DNA laboratories can lead to the achievement of genetic profiles. CODIS and similar informatic DNA databases, by storing and managing those genetic profiles, can aid at criminal investigation by linking perpetrators to biological evidence samples. The same way CODIS can aid at human civil identification by linking relatives of missing persons to biological evidence samples. Thus, these novel intersections between biology, medicine, informatics, mathematics, engineering and law can lead to the resolutions of different kinds of crimes as well as other forensic matters such as human civil identification or clarification of kinship relations.
- Colheitas nos GMLF para Investigações de Parentesco do SGBF-NPublication . Ferreira da Silva, Benedita; Amorim, António; Pereira, Maria JoãoO SGBF é responsável pela realização de perícias de Investigação de Parentesco, Criminalística e Identificação Individual. As perícias de IP correspondem a cerca de 20-30% da totalidade das perícias no SGBF-N. Frequentemente reveste-se de necessidade recorrer aos GMLF para a realização da colheita a intervenientes em IP considerando a área de residência das mesmas. Para uma boa realização da perícia e recolha da informação necessária, o SGBF-N fornece aos GMLF normas de colheita, que se encontram em revisão para incluir as novas especificidades do SIIMP. Neste trabalho pretende-se reforçar alguns pontos técnicos e esclarecer questões mais documentais. Com a implementação do SIIMP é possível aos GMLF preencherem diretamente as informações solicitadas em IP na própria requisição de ”Colheita de material biológico”. Na pestana ”Relatório /Exames” deve ser adicionado o exame ”Colheitas em local distinto da realização da perícia - Outros (0,3 UC)”. Na pestana ”contentores” adiciona-se um único contentor para o interveniente, sendo possível preencher informações da identificação do mesmo, bem como informações relevantes para a avaliação da perícia, nomeadamente se já fez transfusão de sangue ou transplante de órgãos. O auto de colheita sai automaticamente preenchido do SIIMP, e após assinado, deve ser feito o seu upload na localização própria. Os outros documentos que devem constar numa colheita de IP são cópia do documento de identificação, declaração de conhecimento e fotografia, caso apenas alguns dos intervenientes da perícia compareçam no GMLF. Os documentos devem ser colocados na pestana ”Anexos” da requisição, com a categoria ”Documentos de colheita”, pois caso seja escolhida outra categoria, o perito do SGBF não conseguirá aceder aos mesmos. Devem ser sempre colhidas duas zaragatoas a cada interveniente e adicionadas ao contentor. Para tal, no campo ”Agrupador” deve ser selecionado "Zaragatoas” e no campo ”Tipo de amostras” selecionar ”Zaragatoa bucal (refª)”. Não é necessário preencher informação sobre o vestígio suspeito, uma vez que este campo só se aplica nas amostras colhidas no âmbito de perícias de Criminalística. O uso exclusivo de zaragatoas deve-se ao facto de ser um método menos invasivo e foi deliberado em Conselho Diretivo. Em casos excecionais pode-se revestir de necessidade a recolha de outro material biológico, sendo a escolha primordial a punção do dedo (mancha de sangue). As amostras devem ser devidamente identificadas, não podem suscitar quaisquer dúvidas sobre a sua origem. Quando concluído o procedimento, o perito médico deve proceder ao envio das amostras para a Cadeia de Custódia, clicando no botão respetivo no contentor, para posterior envio para o SGBF-N e concluir o exame na pestana ”Relatório/Exames”. A faturação é da responsabilidade do GMLF, que deve cobrar 0.3UC por pessoa e não por amostra colhida. O SIIMP veio facilitar a colaboração SGBF-GMLF neste procedimento.
- Cremação de cadáveres: considerações a propósito da eventual perda definitiva de informação genética individualPublication . Lima, António; Andrade Sampaio, Lisa; Cunha, Eugénia; Corte-Real, Francisco; Amorim, António
- O cromossoma X em investigações de parentesco biológico - casos de estudoPublication . Dourado, Catarina; Dario, Ana Rita; Garcia, Rita; Amorim, António; Carvalho, MónicaEm investigações de parentesco biológico recorre-se, habitualmente, ao estudo de polimorfismos de short tandem repeats (STRs) autossómicos para obtenção do perfil genético dos indivíduos e posterior averiguação de possíveis relações biológicas. No entanto, surgem por vezes perícias complexas, sejam devidas ao tipo de intervenientes da perícia, sejam devidas a alterações genéticas (mutações), que exigem o recurso a outro tipo de marcadores genéticos, nomeadamente STRs dos cromossomas sexuais, tanto do cromossoma Y como do cromossoma X. No caso do cromossoma X, o seu padrão de hereditariedade faz com que seja frequentemente utilizado em situações de ausência de um dos progenitores. O presente trabalho tem como principal objetivo expor alguns casos de investigações de parentesco biológico em que a análise do cromossoma X se revelou de extrema importância para a sua resolução, tanto em casos de um trio (pretenso pai - mãe - filha), como em situações de ausência de pelo menos um progenitor biológico, tanto em casos de exclusão como em casos de não exclusão. Relativamente à metodologia laboratorial, as amostras biológicas foram extraídas com Prep-n-Go Buffer (Applied Biosystems™) e com Chelex® 100 (Sigma-Aldrich®), amplificadas para STRs autossómicos com os kits GlobalFiler™ PCR Amplification Kit (Applied Biosystems™) e PowerPlex® Fusion 6C System (Promega Corporation), e amplificadas para STRs do cromossoma X com Investigator® Argus X-12 QS Kit (Qiagen). A análise de fragmentos foi efetuada por eletroforese capilar no sequenciador automático 3500 Genetic Analyzer (Applied Biosystems™) e analisadas com o software GeneMapper® ID-X 1.4 (Applied Biosystems™). A análise estatística foi realizada utilizando o programa Familias 3. A análise de STRs do cromossoma X nos casos apresentados revela-se fundamental como reforço dos resultados dos STRs autossómicos no sentido de não exclusão da paternidade em perícias com valores baixos de IP devido, por exemplo, a mutações ou alelos nulos, e também como reforço de exclusão em perícias sem amostra de pretenso pai.
- Deteção de infeções sexualmente transmissíveis -contributo do LAC-ML no contexto de agressões sexuaisPublication . Fadoni, Jennifer; Mofreita, Vânia; Rodrigues, Joana; Franco, Magda; Shastakova, Alena; Magalhães, Jéssica; DE SOUSA MAGALHÃES, JÉSSICA; Correia Dias, Maria Helena; Balsa, Filipa; Cainé, Laura; Amorim, AntónioIntrodução: Os crimes de natureza sexual constituem um grave problema de saúde pública, com elevada prevalência, particularmente entre mulheres, e possíveis consequências físicas, psicológicas e reprodutivas para os sobreviventes. Entre estas, as infeções sexualmente transmissíveis (IST) assumem particular relevância, tanto pelo seu caráter frequentemente assintomático como pelo potencial de causar complicações a longo prazo. A deteção de IST em contextos de agressão sexual é crucial não só para a adequada gestão clínica das vítimas, como também para fornecer suporte probatório no âmbito da investigação criminal. Objetivos: Foram analisadas amostras colhidas no âmbito de casos de possíveis agressões sexuais, com o objetivo de detetar a presença de IST. Material e Métodos: Foram analisadas 59 amostras biológicas incluindo soro sanguíneo (n=49), urina (n=5), e exudados vaginal (n=1), vulvar (n=1), anal (n=1), cervical (n=1) e perianal (n=1), nas quais foram pesquisadas a presença de Chlamydia trachomatis (IgG, IgM, DNA), Neisseria gonorrhoeae (IgG, IgM, DNA), Trichomonas vaginalis (IgG, IgM, DNA), Treponema pallidum (IgG, IgM, DNA), Ureaplasma urealyticum e Ureaplasma parvum (DNA), Mycoplasma hominis e Mycoplasma genitalium (DNA), HIV 1/2 (Ac Totais, Ag p24, RNA), Hepatite B (Ag HBs, Ac HBs, Ac totais, IgM HBc), Hepatite C (IgG), Papiloma virus humano (IgG), Herpes-virus simplex tipo 2 (IgG, IgM), de acordo com o solicitado pela entidade requisitante. Resultados e Discussão: Os indivíduos analisados possuíam idades entre 12 e 72 anos. Todas as supostas vítimas eram do sexo feminino (22 amostras), enquanto 36 amostras eram provenientes de agressores do sexo masculino e 2 do sexo feminino. Nos supostos agressores, foi detetada C. trachomatis (IgG) em 1 indivíduo do sexo feminino e 3 do sexo masculino, incluindo em um desses a deteção de T. pallidum (IgG); e HIV 1/2 (Ac Totais) em 1 indivíduo do sexo masculino. Entre as alegadas vítimas, foi detetada C. trachomatis (DNA) em uma mulher de 73 anos de idade; e Hepatite B, (Ag HBs) numa jovem de 12 anos de idade, sugerindo uma infeção ativa. Estes achados reforçam a importância da investigação laboratorial em casos de alegada agressão sexual, e reforçam a sensibilidade dos métodos utilizados, que permitem a deteção de agentes infeciosos mesmo em indivíduos assintomáticos. Conclusões: A deteção laboratorial de IST em contexto forense revela-se fundamental na abordagem integrada a vítimas de violência sexual, permitindo não só um acompanhamento clínico mais eficaz, como também a produção de informação relevante para fins judiciais. O papel dos laboratórios forenses, como o Laboratório de Análises Clínicas e Médico-Legais (LAC-ML), é determinante na resposta coordenada às agressões sexuais, promovendo uma abordagem baseada em evidência científica, respeito pela vítima e suporte à justiça. Reforça-se, assim, a necessidade de protocolos bem definidos e da capacitação contínua dos profissionais envolvidos neste tipo de perícias.
- Estudos sobre o ADN mitocondrial de imigrantes de Angola integrados na população de Lisboa: uma contribuição com interesse biogeográfico e forensePublication . Lago, Iris; Afonso Costa, Heloísa; Nascimento, Rui; Rebelo, Maria Teresa; Amorim, AntónioO ADN mitocondrial (mtDNA) é um constituinte da mitocôndria, que se encontra no citoplasma da célula. O mtDNA tem sido alvo de estudo para aplicação em áreas das ciências forenses e em estudos populacionais, devido às suas características únicas. Quando comparado com o ADN nuclear, o mtDNA apresenta origem uniparental (herdado exclusivamente da mãe), ausência de recombinação e elevado número de cópias. Estas caraterísticas tornam o mtDNA no candidato ideal para estudos de amostras antigas ou degradadas, nas quais o ADN nuclear revela-se insuficiente ou inconclusivo. O mtDNA é composto pela zona codificante e zona não codificante (ou região controlo), sendo esta última o alvo da maioria das investigações. No entanto, com novos avanços tecnológicos foram criadas técnicas que permitem analisar o genoma mitocondrial completo, como as tecnologias de Next Generation Sequencing (NGS). Quando comparado com outras técnicas que analisam apenas a região controlo, como Sanger, a NGS permite definir haplótipos e haplogrupos de maior resolução. A imigração em Portugal tem aumentado e a população angolana integrada em Lisboa é uma das que mais se destaca no país. O estudo da mesma é essencial para auxiliar a compreensão do genoma destes indivíduos, bem como do genoma associado à população angolana. Para além disso, é uma das populações que ainda não foi estudada com recurso a novas tecnologias de nova geração. Angola situa-se no sudoeste africano, onde prevalecem algumas ramificações do haplogrupo L, porém, dada a miscigenação existente em África, também se encontram outros haplogrupos oriundos de outras partes do mundo. Neste trabalho foram utilizadas amostras de sangue (n=170) de indivíduos angolanos residentes em Lisboa, que apresentem ascendência materna angolana. Após a extração de ADN e da quantificação do mesmo, realizou-se a sequenciação do mtDNA com a técnica NGS. O genoma mitocondrial completo foi analisado de maneira a determinar os haplótipos de cada indivíduo e os seus haplogrupos. Ao adicionar esta informação à base de dados EMPOP, o conhecimento sobre esta população e mtDNA aumenta. Este trabalho permite concluir, como esperado, que os indivíduos da população angolana apresentam principalmente haplogrupos L, como L0, L1, L2 e L3. Por outro lado, estes dados contribuem para a determinação de parâmetros sobre a população estudada, como diversidade sequencial, a diversidade nucleotídica e uma análise interpopulacional, bem como a construção de uma árvore filogenética.
- Genetic characterization of the Brazilian immigrant population in Lisboa with InDel genetic markersPublication . Reis, Fátima; Vieira-Silva, Cláudia; Vieira Silva, Cláudia; Amorim, António; Bogas, Vanessa; Ribeiro, Teresa; Porto, Maria João; Afonso Costa, HeloísaMigration is one of the main factors for genetic variability within populations’. Currently, the Portuguese population, and particularly the population from Lisboa, welcomes a considerable number of immigrants. Brazilian immigrants are the main foreign community in Portugal, with about 80 000 individuals in 2015. Insertion/deletion polymorphisms - InDels -, are characterized by the presence or absence of small DNA sequences?. These variations constitute a group of genetic markers with advantages for forensic identification, especially in highly degraded biologic samples, due to the small size of the amplification fragments. Furthermore, InDels have lower mutation rates making them useful for complex cases of biological kinship