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- Got her mummy´s eyes: Eye color investigation using IrisPlex – preliminary studyPublication . Dario, Paulo; Rita Olivera, Ana; Ribeiro, Teresa; Lucas, Isabel; Marques, Manuela; Porto, Maria João; Costa Santos, Jorge; Corte Real, F.; Dias, DeodáliaSNP phenotypic markers are being studied by several groups worldwide. As a result, phenotypic loci such as the ones responsible for human eye, hair and skin color are starting to get known. These may provide information for identification of unknown sample donors in criminal casework when there are no suspects. This kind of information may be even more relevant when the sample donor possesses phenotypic characteristics which distinguish him from the population in which he is inserted. Nevertheless, this approach may be used in similar scientific areas. In this work, a DNA sample from a mummified corpse with historical and scientific interest was studied in order to discover more information about who this corps belonged to. One of the tools used in this investigation was IrisPlex, designed for eye color prediction. This study presents one example on how this methodologies may be useful, not only in forensic investigation but also in areas such as physical anthropology.
- O que dizem os teus olhos? Investigação de características fenotípicas em peça museológica e perspetiva de uso futuro em Genética ForensePublication . Dario, Paulo; Olivera, Ana Rita; Ribeiro, Teresa; Lucas, Isabel; Marques, Manuela; Porto, Maria João; Costa Santos, Jorge; Dias, Deodália; Corte Real, F.Os marcadores fenotípicos, do tipo SNP, têm vindo a ser estudados por vários grupos a nível mundial, pelo que começam a ser conhecidos marcadores para características fenotípicas não só para a cor dos olhos, mas também para a cor do cabelo e pele, os quais podem fornecer um conjunto valioso de informação para a identificação do dador da amostra em estudo. Este tipo de informação poderá ser tanto mais relevante se o dador da amostra possuir características fenotípicas que o distingam da população na qual se encontra inserido. Neste trabalho, foi estudada uma amostra de uma peça museológica com interesse histórico-científico que exemplifica como este tipo de novas metodologias poderá ter interesse em áreas como a investigação criminal ou como a antropologia física.
- Influência do tipo de zaragatoa bucal na obtenção de perfis genéticosPublication . Dario, Ana Rita; Dourado, Catarina; Pimentel, Mariana; Lucas, Isabel; Marcelino, Miguel; Vieira da Silva, Cláudia; Amorim, AntónioNo âmbito das investigações biológicas forenses é necessário utilizar amostras de referência, geralmente sangue ou saliva. Estas amostras, se colhidas corretamente e armazenadas em condições adequadas, não apresentam problemas de escassez de material genético e mantêm-se estáveis, por um longo período de tempo. Atualmente, no SGBF-S são preferencialmente colhidas, apenas, duas zaragatoas bucais, a cada interveniente, sendo por isso, de extrema importância, a utilização do tipo de zaragatoas mais adequado para este tipo de colheita, visto que não existirá, como alternativa, o suporte de mancha de sangue. Assim, para além de outros fatores, nomeadamente o correto acondicionamento e preservação das amostras colhidas, existe um de grande importância a considerar - o tipo de suporte - uma vez que pode condicionar a quantidade de ADN presente na amostra. O presente trabalho pretende identificar se a ausência da obtenção de um perfil genético completo está relacionada com o tipo de zaragatoa usada na colheita da amostra. Foram analisadas amostras extraídas com Prep-n-Go™ Buffer (Applied Biosystems™), amplificadas para STRs autossómicos com os kits PowerPlex® Fusion 6C System (Promega Corporation) e GlobalFiler™ PCR Amplification (Applied Biosystems™). ™). A análise de fragmentos foi efetuada por eletroforese capilar no sequenciador automático 3500 Genetic Analyzer (Applied Biosystems™) e analisadas com o software GeneMapper® ID-X 1.4 (Applied Biosystems™). Nos casos em que não foi obtido um perfil completo, repetiu-se a extração com um kit mais sensível e eficaz – PrepFiler Express™ Forensic DNA Extraction (Applied Biosystems™), e posteriormente a quantificação com o kit Quantifiler™ Trio DNA Quantification Kit (Applied Biosystems™) desta nova extração, como da anterior. Apesar da grande eficácia e sensibilidade desta metodologia de extração, nem sempre foi possível obter um perfil genético valorizável. Para a resolução de algumas perícias, foi possível recorrer à amostra complementar (mancha de sangue) e realizar os procedimentos laboratoriais adequados. Noutras situações, foi mesmo necessário proceder a nova colheita. Na casuística do Laboratório, verificou-se que a ausência de perfis genéticos ou presença de perfis não valorizáveis ou incompletos está, frequentemente, relacionada com o tipo de zaragatoa utilizada na colheita de células do epitélio bucal. Assim, concluiu-se que o tipo de zaragatoa dentada, de extremidade descartável, conduz regularmente à obtenção de um perfil genético robusto. Após o estudo efetuado, recomenda-se o uso de zaragatoas dentadas com extremidade descartável, em detrimento de outros tipos de zaragatoas bucais.
- Estudo de cabelos comparação de metodologias de extração de ADNPublication . Dourado, Catarina; Pimentel, Mariana; Lucas, Isabel; Olivera, Ana Rita; Vieira da Silva, CláudiaEm investigações biológicas forenses, sobretudo em perícias de âmbito criminal, surgem por vezes amostras de cabelos que requerem identificação genética.Deste modo, é de especial importância que sejam implementadas metodologias que permitam a obtenção de uma concentração de ADN suficiente e de boa qualidade para se conseguir como resultado final um perfil genético robusto e valorizável. Tendo o SGBF-S o objetivo de acreditar os ensaios em amostras forenses, particularmente as amostras de cabelos, foi elaborado um estudo para validar a metodologia de extração de ADN mais adequada para este tipo de amostra. Para atingir o objetivo deste trabalho, foram colhidos 4 a 6 cabelos a cada um de 10 colaboradores do Serviço, cujos perfis genéticos estavam previamente determinados. Foram utilizados 2 a 3 cabelos de cada colaborador para extração com cada um dos diferentes kits amplamente utilizados no Serviço em amostras problema - PrepFiler Express™ Forensic DNA Extraction Kit (Applied Biosystems™) e PrepFiler™ BTA Forensic DNA Extraction Kit (Applied Biosystems™). As amostras extraídas foram quantificadas com o kit Quantifiler™ Trio DNA Quantification Kit (Applied Biosystems™) e amplificadas para STRs autossómicos com os kits PowerPlex® Fusion 6C System (Promega Corporation) e GlobalFiler™ PCR Amplification Kit (Applied Biosystems™). A análise de fragmentos foi efetuada por eletroforese capilar no sequenciador automático 3500 Genetic Analyzer (Applied Biosystems™) e analisadas com o software GeneMapper® ID-X 1.4 (Applied Biosystems™). A análise dos resultados obtidos permite verificar que as amostras extraídas com PrepFiler Express™ apresentam concentrações significativamente mais elevadas de ADN total, comparativamente às amostras extraídas com PrepFiler™ BTA. Foram obtidos perfis genéticos completos para todas as amostras extraídas com PrepFiler Express™. No caso das amostras extraídas com PrepFiler™ BTA, apenas foram obtidos perfis genéticos completos para 8 das 10 amostras. Não foi possível obter qualquer perfil a partir das duas restantes amostras. Assim, pelo presente estudo podemos concluir que a metodologia de extração de ADN com PrepFiler Express™ Forensic DNA Extraction Kit é mais adequada do que a metodologia de Congresso Nacional de Medicina Legal e Ciências Forenses 2 / 2 extração com PrepFiler™ BTA Forensic DNA Extraction Kit, para a obtenção de ADN a partir de amostras de cabelos.
- Internal Validation of the Investigator 26Plex QS Amplification Kit: a high-throughput multiplex assay for reference and low copy number DNA samplesPublication . Cardoso, Paula; Serra, Armando; Bogas, Vanessa; Balsa, Filipa; Lopes, Virginia; Dario, Rita; Porto, Maria João; Amorim, António; Corte Real, F.; Brito, PedroThe Investigator® 26plex QS Amplification Kit, from QIAGEN, provides reliable and rapid DNA profiles while enabling the multiplex amplification of 24 STRs, 2 Quality Sensors and a gender-determining marker, Amelogenin. The Quality Sensors incorporated in this kit provide insight into the sample quality and the PCR's success while alerting to the presence of inhibitors. Through an extensive internal validation study, this research sought to implement the Investigator® 26plex QS in the laboratory routine of the Forensic Genetic and Biology Service, Central branch (SGBF-C) of the Portuguese National Institute of Legal Medicine and Forensic Sciences. Here we detail the procedures and parameters applied which followed the SWGDAM guidelines, as well as report the results obtained throughout. Firstly, it was crucial to establish unique analytical criteria that would be the baseline for the interpretation of the results obtained. To accomplish such, analytical, stochastic, heterozygous balance and stutter thresholds were defined. Thereupon, this study intended to gauge the kit’s performance, by evaluating its concordance with normalized methodologies while assessing its sensitivity, specificity, robustness, and precision, besides its efficiency in the presence of degraded and/or inhibited samples. Lastly, in favour of optimizing the laboratory workflow, an assay was carried out to test half volume reactions and direct amplification on reference samples. In this study a wide range of sample types were analysed, which made it possible to acquire robust data pertaining to the performance of the assay. The laboratory methodology applied comprehended: DNA extraction using Prep-n-Go™ Buffer and PrepFiler Express™ Forensic DNA Extraction Kit, quantification with the Quantifiler™ Trio Quantification Kit, followed by the amplification with the Investigator® 26plex QS. Capillary electrophoresis was performed in the Applied Biosystems™ 3500 Genetic Analyzer, and the electropherograms’ were analysed using the GeneMapper™ ID-X Software v1.6. Through this work, it was possible to characterize the main advantages of the Investigator® 26plex QS kit, as well as its limitations. The validation data demonstrated that this system produces reliable profiles in the presence of minute DNA quantities and identifies the minor contributor in a mixture up to a 1:50 ratio. The results inferred a high human specificity, robustness, and sensitivity, while producing concordant and reproducible results with optimized protocols for both reference and low copy number DNA samples. Through concordance studies it was further shown that there is a high consistency between this novel amplification kit and those currently implemented in the SGBF-C, thus proving its suitability for the analysis of forensic samples.