Percorrer por autor "Nascimento, Rui"
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- ADN antigo: pequenos passos, mas grandes avançosPublication . Correia Dias, Helena; Franco, Magda; Afonso Costa, Heloísa; Nascimento, Rui; Figueiredo, Alexandra; Monteiro, Cláudio; Corte Real, Francisco; Cainé, Laura; Amorim, AntónioO estudo do DNA antigo (aDNA) será sempre uma fonte crucial de informação para a história das populações do passado e do futuro. Ao longo dos anos, o estudo do aDNA tem trazido vários obstáculos aos investigadores, os quais têm tentado novas abordagens para conseguir capturar material genético suficiente para as subsequentes análises. Com os diversos avanços tecnológicos, como a sequenciação genética next generation sequencing (NGS) ou massively parallel sequencing (MPS), novas oportunidades têm surgido. Não obstante, o processamento deste tipo de amostra será sempre desafiador devido às condições inerentes do aDNA, mas também certas condicionantes externas como a possível contaminação por ADN moderno ou contaminação laboratorial cruzada, armazenamento (nem sempre feito da forma mais adequada), ou certas condições ambientais, nas quais o material se encontrava antes de ser recuperado. O Laboratório de ADN Antigo do Instituto Nacional de Medicina Legal e Ciências Forenses tem estudado remanescentes humanos no âmbito de um projeto colaborativo que abrange a investigação de comunidades de pré-história recente, na região centro de Portugal (MEDICE II). O objectivo desta apresentação consiste na explicação sumária do fluxo laboratorial envolvido no processamento de aDNA, e na apresentação de alguns dos resultados obtidos. No Laboratório de ADN Antigo, o processamento das amostras é feito em salas exclusivamente dedicadas para o efeito, e consiste, sumariamente, nos seguintes passos: 1) pré-tratamento da amostra (limpeza mecânica a baixa velocidade, minimizando o risco de degradação de ADN, e fragmentação/obtenção de pó); 2) extração automática de ADN; 3) quantificação de ADN; 4) sequenciação por MPS; 5) análise e interpretação de resultados. Seguindo o fluxo laboratorial descrito, observou-se, para a amostra em estudo, com cerca de 5000 anos, informações relevantes sobre a origem geográfica e o fenótipo do indivíduo. A análise estatística revelou uma percentagem maioritária para o grupo ancestral europeu e, relativamente ao fenótipo, observou-se que seria um indivíduo de olhos azuis, com uma tonalidade de cor de cabelo clara, e com uma coloração de pele intermédia. Não foi possível obter dados estatísticos para a cor do cabelo, nem informação relativa ao sexo. Passos pioneiros têm sido dados no caminho de expandir a investigação em aDNA e trazer novos avanços para a comunidade científica. Tendo em consideração as características particulares do aDNA, e também certos fatores extrínsecos, estes resultados são extremamente promissores. E, é precisamente por esse motivo, que o estudo do aDNA é uma das análises mais desafiadoras, mas também das mais estimulantes para os peritos forenses.
- ADN antigo: perspetivas e desafiosPublication . Correia Dias, Helena; Franco, Magda; Balsa, Filipa; Serra, Armando; Afonso Costa, Heloísa; Nascimento, Rui; Corte Real, Francisco; Cainé, Laura; Amorim, AntónioO DNA antigo (aDNA) pode ser uma fonte crucial de informação para estudos sobre a evolução e história das populações, revelando aspetos importantes, como migrações e interações humanas. Desde o primeiro estudo baseado no isolamento de aDNA, em 1984, novos desafios e oportunidades surgiram na área. Ao longo dos anos, com as melhorias técnicas nos métodos de extração de ADN e a emergência de novas metodologias de sequenciação de alto rendimento, como massive parallel sequencing, foram também impulsionadas novas perspetivas neste campo. Os restos humanos antigos, provenientes de escavações arqueológicas e de coleções museológicas, podem ser difíceis de analisar, principalmente devido à contaminação por ADN moderno, à degradação e exiguidade do aDNA, à contaminação laboratorial, ao armazenamento incorreto, às condições ambientais, entre outros. Além disso, apesar de muitos métodos de pré-tratamento terem sido propostos, poucos estudos relatam a preservação da estrutura e integridade do espécime. Os ossos e dentes são, muitas vezes, a única evidência da existência de um indivíduo ou população e devem ser analisados, mas essencialmente preservados. A análise de aDNA consiste, resumidamente, na preparação da amostra (usando, preferencialmente, um método não invasivo), extração de ADN, quantificação de ADN, PCR e sequenciação. O processo de preparação da amostra é determinante devido às características particulares do aDNA, como a baixa quantidade e a extensa degradação. Uma das questões mais importantes é a autenticidade do aDNA, sendo essencial minimizar o risco de contaminação por ADN moderno. Na extração de ADN, considerando amostras museológicas, é necessário selecionar um método não destrutivo, seguido de um método de quantificação preciso, que permita também otimizar a extração e detectar inibidores da PCR. A PCR deve também ter características específicas, comparando com a amplificação tradicional. Uma PCR dividida em dois passos é essencial para ultrapassar os artefactos do aDNA degradado. É aconselhável fazer múltiplas reações de PCR da mesma amostra e depois sequenciar as réplicas por sequenciação de Sanger. Após alinhamento e comparação das múltiplas sequências, a sequência de interesse é obtida. Recentemente, o Serviço de Genética e Biologia Forenses da Delegação do Centro (SGBF-C) do Instituto Nacional de Medicina Legal e Ciências Forenses (INMLCF) criou um Laboratório de ADN Antigo com o objectivo principal de estudar amostras arqueológicas com diferentes intervalos post-mortem. Considerando que a análise de aDNA desempenha um papel crucial nos estudos arqueológicos e paleogenómicos, o objectivo da presente comunicação é divulgar e partilhar na comunidade científica o nosso novo Laboratório de ADN Antigo do INMLCF e mostrar o seu potencial para a expansão da investigação em aDNA, sendo que este laboratório está integrado num projecto científico que estuda comunidades da pré-história recente, na região centro de Portugal (MEDICE II).
- ADN mitocondrial: Estudo de validação interna de metodologia de sequenciaçãoPublication . Domingos, Margarida; Afonso Costa, Heloísa; Nascimento, Rui; Feiteiro, Mariana; Corte Real, Francisco; Amorim, AntónioEm genética forense, a sequenciação do ADN mitocondrial (ADNmt) pode ser uma ferramenta crucial designadamente sempre que não é possível obter ADN nuclear (ADNn) analisável, a partir das amostras biológicas. Amostras recolhidas em cadáveres em avançado estado de decomposição e cabelos ou pêlos recolhidos em local de crime são exemplos de amostras biológicas a partir das quais a análise do ADNmt pode ser o único meio de prova genético. O ADNmt é vantajoso por existir em maior quantidade do que o ADNn, mas tem a desvantagem de ser um elemento não individualizante, sendo comum a todos os indivíduos da mesma linhagem materna. O Serviço de Genética e Biologia Forenses (SGBF) do Instituto Nacional de Medicina Legal e Ciências Forenses, I.P. (INMLCF), está a implementar a sequenciação massiva em paralelo (MPS), sequenciação de segunda geração. A MPS, relativamente à técnica de sequenciação de Sanger (SS), tem como vantagens, desde logo, permitir sequenciar o genoma mitocondrial completo e oferecer a capacidade de analisar múltiplas amostras biológicas em simultâneo. Com o objetivo de implementar e validar a sequenciação do genoma mitocondrial por MPS foi avaliada a concordância entre as metodologias SS e MPS. Foram selecionadas 64 amostras biológicas, previamente estudadas e analisadas pela metodologia SS. Para o estudo pela metodologia MPS as amostras foram extraídas com PrepFiler Express BTA™ Forensic DNA Extraction Kit e quantificadas com Quantifiler™ Trio DNA Quantification Kit. A preparação de bibliotecas de ADNmt foi feita num equipamento Ion Chef™ com o Precision ID mtDNA Whole Genome Panel e o Precision ID DL8 Kit. Na quantificação das bibliotecas de ADNmt foi utilizado o Ion Library TaqMan™ Quantitation Kit. A preparação do template e carregamento do Ion 530™ Chip foi realizada no Ion Chef™ com os kits Ion S5™ Precision ID Chef & Sequencing Kit. A sequenciação, através da deteção de alterações de pH provocada pela libertação de iões de hidrogénio (H+), ocorridas durante a polimerização do ADN e incorporação de bases, foi realizada num Ion GeneStudio™ S5 System e em conjunto com o sistema Ion Torrent™ que determinou a sequência da molécula em estudo, transformando o sinal químico em sinal digital. A análise e determinação do haplótipo do ADNmt foi realizada com o Converge™ Software. O haplótipo de ADNmt determinado com as metodologias SS e MPS foi coincidente em todas as amostras. Adicionalmente, a metodologia MPS aumentou a eficiência e precisão na análise das amostras de ADNmt. A simplicidade do sistema MPS elimina a necessidade de utilização de nucleotídeos modificados, de lasers, scanners e câmaras de deteção, garantindo exatidão na deteção dos polimorfismos. Este sistema garante ainda uma cobertura homogénea da sequência em estudo, até mesmo em regiões ricas em conteúdo GC e regiões homopoliméricas.
- Aplicação forense de marcadores genéticos de ancestralidade biogeográfica e características visíveis externamente: interpretação e relatório pericialPublication . Afonso Costa, Heloísa; Amorim, António; Nascimento, Rui; Cainé, Laura; Cunha, Eugénia; Corte Real, FranciscoA capacidade de multiplexação da sequenciação massiva em paralelo (MPS), em simultâneo com a capacidade de análise de diversos tipos de marcadores genéticos, conduziu a genética forense a uma utilização mais frequente dos polimorfismos de nucleotído único (SNPs). Iniciaram-se, também, as análises denominadas Forensic DNA Phenotyping (FDP) que incluem a inferência da ancestralidade biogeográfica (BGA) e a inferência das características visíveis externamente (EVC) a partir de uma amostra biológica. Características que poderão orientar a investigação e a pesquisa em registos, dotando o ADN da capacidade de atuar como testemunha. No entanto, a interpretação de genótipos e haplótipos de BGA pode ser desafiadora, faltando ainda, orientações e harmonização sobretudo sobre a forma de expor os resultados obtidos. Este trabalho tem como objetivos apresentar o método desenvolvido no Serviço de Genética e Biologia Forenses da Delegação do Sul (SBGF-S) para a determinação dos marcadores BGA e EVC; e apresentar um modelo de relatório pericial que pretende explanar os procedimentos a que a amostra foi submetida e traduzir os resultados em conclusões adequadas e percetíveis. Foram analisadas amostras colhidas após consentimento informado livre e esclarecido aprovado pela comissão ética e científica do INMLCF. As amostras foram extraídas com PrepFiler Express BTA™ Forensic DNA Extraction Kit e quantificadas com Quantifiler™ Trio DNA Quantification Kit. A preparação de bibliotecas de 41 SNPs autossómicos informativos para a EVC, 163 SNPs autossómicos de ancestralidade, e 116 Y-SNPs específicos de linhagem paterna incluídos no Ion AmpliSeq™ PhenoTrivium Panel, foi realizada de forma manual. A preparação de bibliotecas de ADN mitocondrial (ADNmt) foi realizada num equipamento Ion Chef™ com o Precision ID mtDNA Whole Genome Panel. A preparação do template e carregamento do Ion 530™ Chip foi realizada num Ion Chef™ utilizando o Ion S5™ Precision ID Chef & Sequencing Kit. A sequenciação foi realizada num Ion GeneStudio™ S5 System. A análise primária da sequência detetada foi realizada no Servidor Torrent em relação ao genoma de referência, hg19. A tipagem genética foi realizada utilizando o plugin HIDGenotyper-2.2 e a previsão BGA foi determinada com o Converge™ Software, baseada num método de bootstrap e um intervalo de confiança de 95%. A população de referência utilizada, compreende sete populações da base de dados ALFRED: África, América, Leste Asiático, Europa, Oceânia, Sul da Ásia e Sudoeste Asiático. A ancestralidade paterna e materna foi determinada recorrendo ao software YLeaf e à base de dados EMPOP, respetivamente. A predição do fenótipo foi obtida usando o Erasmus HPS Webtool. O conjunto dos SNPs autossómicos de ancestralidade, SNPs específicos de linhagem paterna e materna, e SNPs autossómicos fenotípicos, escolhidos, mostraram-se adequados para a determinação da BGA e EVC de uma amostra desconhecida, tendo sido elaborado o relatório pericial modelo.
- Cronómetros do Esqueleto: a metilação de ADN como o novo método da estimativa da idade para remanescentes humanos esqueletizados.Publication . Silva, João; Correia Dias, Helena; Afonso Costa, Heloísa; Nascimento, Rui; Corte Real, Francisco; Cainé, Laura; Amorim, AntónioNos últimos anos, a análise da metilação do ADN (DNAm) surgiu como uma ferramenta promissora para a estimativa da idade à morte do indivíduo, em contexto médico-legal e forense. Em situações mais complexas que envolvem remanescentes humanos esqueletizados não identificados, a estimativa da idade à morte é um pilar essencial, ajudando na identificação, mas também no redireccionamento da investigação forense e criminal. Este estudo tem como objetivo aplicar em remanescentes mortais esqueletizados de indivíduos da população portuguesa, o modelo de predição de idade (age prediction model, APM), originalmente desenvolvido em ossos frescos de indivíduos portugueses por Correia Dias et al. (2020). Com este trabalho pretendemos impulsionar o desenvolvimento de novas metodologias para a estimativa da idade em material esquelético mais comprometido, em contexto médico-legal e forense. Uma vez que os ossos são frequentemente o único material biológico disponível em situações em que a morte não tenha sido recente, a estimativa de idade baseada nos níveis de DNAm capturados em ossos oferece vantagens distintas sobre as abordagens morfológicas tradicionais quando os restos mortais estão altamente degradados ou incompletos. Este estudo centra-se na análise dos padrões de DNAm dos genes C1orf132, EDARADD e ELOVL2, que têm mostrado, consistentemente, fortes correlações com a idade cronológica em vários tecidos, incluindo ossos. Dados os desafios inerentes ao ADN degradado em amostras de ossos secos, este projeto desenvolveu e otimizou um protocolo que inclui várias extrações de ADN por amostra e uma etapa de concentração subsequente para maximizar o rendimento e a qualidade do ADN. O ADN foi extraído usando o kit PrepFiler Express BTATM, quantificado com o kit QuantifilerTM Trio e concentrado através de dispositivos de filtro centrífugo Microcon®. A conversão de bissulfito foi efetuada com o kit EZ ADN Methylation-GoldTM, permitindo uma avaliação precisa dos níveis de DNAm nos locais CpG alvo. A fase experimental do projeto envolveu a análise de amostras de ossos de casos do Instituto Nacional de Medicina Legal e Ciências Forenses (INMLCF) de 2017 a 2021. Após a extração, quantificação e concentração do ADN, o ADN foi convertido através de bissulfito de sódio e submetido à amplificação por PCR e sequenciação de Sanger para avaliar a DNAm nos CpGs alvo. A correlação entre os níveis de DNAm e a idade cronológica dos indivíduos será analisada estatisticamente com o software IBM SPSS, v.27, usando modelos de regressão linear. O APM tecido-específico previamente desenvolvido em ossos de cadáveres frescos (Correia Dias et al., 2020) será aplicado a ossos de casos forenses do INMLCF. Espera-se que os resultados contribuam para o desenvolvimento de protocolos normalizados estimulando a investigação futura sobre aplicações forenses baseadas na análise da DNAm. Acredita-se que os avanços no domínio da epigenética forense possam apoiar a resolução de casos forenses complexos.
- Estudo comparativo e de validação de ensaios de quantificação de DNA, total e fração masculina, em amostras forenses, com diferentes metodologias e equipamentosPublication . Feiteiro, Mariana; Afonso Costa, Heloísa; Nascimento, Rui; Domingos, Margarida; Cunha, Eugénia; Corte Real, Francisco; Amorim, AntónioA Genética Forense utiliza o DNA como o alvo de análise, sendo este um dos objetos de estudo mais importantes na análise forense, devido ao seu elevado potencial de individualização. A análise das amostras biológicas é realizada com o intuito de identificar o perfil genético dos vários envolventes, sendo que a quantidade de DNA presente nas mesmas pode variar consideravelmente, dependendo dos fatores a que estão expostas, o que poderá colocar em causa a obtenção do seu perfil genético. A quantificação do DNA no âmbito da Genética Forense tem um papel relevante para a obtenção de bons resultados, permitindo a análise da quantidade e qualidade do DNA presente numa amostra biológica, de forma a adaptar o restante protocolo para a obtenção de perfis genéticos ideais. A técnica de qPCR é considerada uma das mais precisas e sensíveis para quantificação de DNA, permitindo acompanhar em tempo real, ciclo a ciclo, o produto amplificado, através da alteração no sinal de fluorescência, detetado pelo termociclador. Para a implementação e utilização de um método é necessária a sua prévia validação, de forma a testar as suas capacidades e determinar vantagens e desvantagens do mesmo. No Serviço de Genética e Biologia Forenses da Delegação do Sul (SGBF-S) do Instituto Nacional de Medicina Legal e Ciências Forenses, I.P. (INMLCF), procedeu-se à validação interna de dois procedimentos de quantificação de DNA: os kits Quantifiler Trio e Investigator Quantiplex aplicados aos equipamentos QuantStudio 5 Real-Time PCR System for Human Identification e CFX Opus 96 Real-Time PCR System, respetivamente. Ambos os kits apresentam como alvos de amplificação duas regiões de DNA autossómico, uma large e uma small, e uma região alvo masculina. Relativamente aos equipamentos estudados, estes utilizam um conjunto de até 6 filtros associados a determinados corantes fluorescentes, que permitem a deteção de fluorescência na amostra, traduzindo-se na quantificação de DNA na mesma. A validação dos dois ensaios foi baseada no documento de validação interna do serviço, Procedimento Geral de Validação de Ensaios, dos quais foram testados, através de amostras controlo de concentração conhecida, diversos parâmetros: especificidade, sensibilidade, repetibilidade, reprodutibilidade e capacidade de diferenciação de misturas de material genético feminino e masculino, assim como a análise de amostras reais de forma a mimetizar a rotina laboratorial. Até ao momento, através dos estudos realizados, permite-se afirmar que ambos os ensaios são específicos para DNA humano e têm vindo a apresentar resultados semelhantes e esperados para os parâmetros em estudo. Contudo, constatou-se que não é possível a determinação do índice de degradação no ensaio do kit Investigator Quantiplex, devido à incompatibilidade na deteção do fluoróforo correspondente ao fragmento de DNA large, necessário para o cálculo do mesmo.
- Estudo de Y-SNPs com os métodos de sequenciação de nova geração (NGS): aplicações forensesPublication . Nascimento, Rui; Afonso Costa, Heloísa; Cunha, Eugénia; Corte Real, Francisco; Amorim, AntónioNa genética forense, o estudo do cromossoma Y tem um papel essencial em amostras de misturas de ADN masculino-feminino, comum em casos de agressão sexual. Além disso, através do estudo do ADN do cromossoma Y é possível determinar o número de contribuintes do sexo masculino em amostras de misturas complexas onde estão presentes múltiplos homens. A determinação das linhagens paternas do cromossoma Y, pode ser feita através do estudo de microssatélites do cromossoma Y (do inglês, short tandem repeats, Y-STR) ou pelo estudo de polimorfismos de nucleótido único (Y-SNP). Os haplótipos determinados por Y-STR definem linhagens paternas relativamente próximas e fornecem informação biogeográfica escassa. Em contraste, haplótipos Y-SNP podem definir linhagens muito distantes e fornecer informações de ancestralidade biogeográfica mais precisa, devido a uma taxa de mutação inferior. No âmbito da genética forense, a tecnologia SNaPshot tem sido a mais utilizada para a determinação de Y-SNPs. Esta tecnologia, embora eficaz, é limitada na quantidade de Y-SNPs que pode analisar numa única reação, limitando a determinação de um haplótipo com resolução suficiente para estudos do âmbito forense. Nos últimos anos, a sequenciação de nova geração (NGS) emergiu como uma alternativa ao SNaPshot, pois permite a análise de um grande número de SNPs em simultâneo. Esta tecnologia pode sequenciar um grande número de marcadores do cromossoma Y, proporcionando uma inferência de haplogrupo Y de alta resolução. No entanto, as tecnologias NGS geram uma grande quantidade de dados que podem ser de difícil análise, inviabilizando a sua aplicabilidade em casos reais. Este trabalho tem como objetivos apresentar o método desenvolvido no Serviço de Genética e Biologia Forenses da Delegação do Sul para a determinação dos haplogrupos do cromossoma Y, de uma forma simplificada, com recurso a ferramentas pós-sequenciação, "Open-Source" para determinação do haplogrupo e determinação da informação biogeográfica da linhagem paterna. Foram analisadas amostras colhidas após consentimento informado e esclarecido aprovado pela comissão ética e científica do INMLCF. A preparação de bibliotecas foi feita recorrendo ao painel Ion AmpliSeq™ PhenoTrivium Panel que inclui 116 Y-SNPs específicos de linhagem paterna. A sequenciação foi realizada no Ion GeneStudio™ S5 System recorrendo a Ion 530™ Chips. A análise primária da sequência detetada foi realizada no Torrent Server por comparação ao genoma de referência, hg19. Posteriormente a análise foi feita em ambiente Linux, os ficheiros BAM foram analisados utilizando o software Yleaf que assiste na determinação do Haplogrupo do cromossoma Y. A informação biogeográfica foi obtida recorrendo à base de dados da ISSOG Y-DNA Haplogroup Tree. O trabalho efetuado permite implementar um método de análise simples e eficiente dos dados obtidos por métodos de sequenciação NGS para o estudo de Y-SNPs, superando assim todas as limitações das tecnologias anteriores.
- Estudos sobre o ADN mitocondrial de imigrantes de Angola integrados na população de Lisboa: uma contribuição com interesse biogeográfico e forensePublication . Lago, Iris; Afonso Costa, Heloísa; Nascimento, Rui; Rebelo, Maria Teresa; Amorim, AntónioO ADN mitocondrial (mtDNA) é um constituinte da mitocôndria, que se encontra no citoplasma da célula. O mtDNA tem sido alvo de estudo para aplicação em áreas das ciências forenses e em estudos populacionais, devido às suas características únicas. Quando comparado com o ADN nuclear, o mtDNA apresenta origem uniparental (herdado exclusivamente da mãe), ausência de recombinação e elevado número de cópias. Estas caraterísticas tornam o mtDNA no candidato ideal para estudos de amostras antigas ou degradadas, nas quais o ADN nuclear revela-se insuficiente ou inconclusivo. O mtDNA é composto pela zona codificante e zona não codificante (ou região controlo), sendo esta última o alvo da maioria das investigações. No entanto, com novos avanços tecnológicos foram criadas técnicas que permitem analisar o genoma mitocondrial completo, como as tecnologias de Next Generation Sequencing (NGS). Quando comparado com outras técnicas que analisam apenas a região controlo, como Sanger, a NGS permite definir haplótipos e haplogrupos de maior resolução. A imigração em Portugal tem aumentado e a população angolana integrada em Lisboa é uma das que mais se destaca no país. O estudo da mesma é essencial para auxiliar a compreensão do genoma destes indivíduos, bem como do genoma associado à população angolana. Para além disso, é uma das populações que ainda não foi estudada com recurso a novas tecnologias de nova geração. Angola situa-se no sudoeste africano, onde prevalecem algumas ramificações do haplogrupo L, porém, dada a miscigenação existente em África, também se encontram outros haplogrupos oriundos de outras partes do mundo. Neste trabalho foram utilizadas amostras de sangue (n=170) de indivíduos angolanos residentes em Lisboa, que apresentem ascendência materna angolana. Após a extração de ADN e da quantificação do mesmo, realizou-se a sequenciação do mtDNA com a técnica NGS. O genoma mitocondrial completo foi analisado de maneira a determinar os haplótipos de cada indivíduo e os seus haplogrupos. Ao adicionar esta informação à base de dados EMPOP, o conhecimento sobre esta população e mtDNA aumenta. Este trabalho permite concluir, como esperado, que os indivíduos da população angolana apresentam principalmente haplogrupos L, como L0, L1, L2 e L3. Por outro lado, estes dados contribuem para a determinação de parâmetros sobre a população estudada, como diversidade sequencial, a diversidade nucleotídica e uma análise interpopulacional, bem como a construção de uma árvore filogenética.
- Genetic identification of human skeletal remains in forensic context: a reviewPublication . Cainé, Laura; Henriques, Madalena; Rohovska, Adelina; Sousa, Bárbara; Afonso Costa, Heloísa; Correia Dias, Maria Helena; Rodrigues, Joana; Franco, Magda; Mukan, Olena; Nascimento, Rui; Vânia Mofreita; Amorim, AntónioBackground/Objectives: Genetic identification of human skeletal remains plays a pivotal role in forensic investigations when other traditional or primary methods are not appropriate. Decomposition, storage and environmental conditions often leave the skeletal structure as the only basis for identification. This review synthesizes current methodologies and technological advances in damaged DNA extraction and analysis, emphasizing the forensic relevance of skeletal remains for genetic identification. Methods: A comprehensive literature analysis highlights the basis of genetic identification; sampling that considers intrinsic and extrinsic factors influencing the DNA yield and its quality; pre-treatment methods; extraction protocols that are suitable for its sensitivity; genetic marker panels that allow for human identification; and statistical evaluation and analysis of the results. The last chapter demonstrates the real-world impact of genetic identification on historical cases, underscoring its broader significance in legal, humanitarian, and socio-historical contexts, supporting a critical evaluation of best practices, methodological robustness, and ethical considerations within the field. Results: Teeth, femur and the petrous portion of temporal bone are the main samples used for genetic analysis. STR profiling and mitochondrial DNA are the gold standard markers for skeletal human identification. Minimally destructive protocols that enhance a high DNA yield are chosen, with silica-based methods being highlighted in the extraction protocols. Next-Generation Sequencing techniques have also improved analytical outcomes, by enabling high-throughput data generation, increased coverage depth, nucleotide-level sequence data, and high-level multiplexing of genetic targets. Conclusions: This review provides a comprehensive framework for researchers and practitioners seeking to optimize genetic identification workflows in forensic sciences and bioarcheology. These methodological advances have significantly increased identification success rates, especially in cases involving degraded or limited skeletal remains. Reviews such as this one help us to identify methodological gaps, ethical concerns, and future research directions, thereby establishing best practices when working with highly degraded skeletal material, supporting more reliable, standardized, and legally defensible applications of genetic identification in forensic, archeological, and humanitarian contexts.
- Hepatitis A: Ultrasensitive enzyme-linked fluorescence assay in occasional detection of prior contact in a medico-legal sample In LisbonPublication . Mofreita, Vânia; Cainé, Laura; Rodrigues, Joana; Nascimento, Rui; Mukan, Olena; Fadoni, Jennifer; Corte Real, F.; Amorim, António