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- Implementação da deteção molecular de SARS-CoV-2 na Delegação do Norte do Instituto Nacional de Medicina Legal e Ciências ForensesPublication . Fadoni, Jennifer; Magalhães, Jéssica; Cerqueira, Joana; Cainé, Laura; Amorim, AntónioA Doença do Coronavírus 2019, causada pelo vírus SARS-CoV-2, foi classificada como uma pandemia pela OMS em 11 de março de 2020. Até julho de 2023, foram registados mais de 768 milhões de casos, com mais de 6,9 milhões de mortes associadas. O objetivo do Laboratório de Virologia e de Análises Clínicas e Forenses da Delegação do Norte (LVACF-N) foi implementar a análise de deteção molecular de SARS-CoV-2 na Delegação do Norte do INMLCF, pois a deteção de casos de infeção por SARS-CoV-2 é de extrema importância para controlar a transmissão da infeção, o que por sua vez permite minimizar o impacto da COVID-19 na população e na demanda dos serviços públicos de saúde. A implementação da deteção molecular de SARS-CoV-2 na Delegação do Norte foi dividida em três etapas: i) Validação da metodologia de análise no equipamento de RT-PCR presente na Delegação do Norte, utilizando primers desenhados in house; ii) Avaliação do limiar de deteção do genoma viral; e iii) Validação do novo equipamento de RT-PCR adquirido para o LVACF-N, utilizando um kit comercial e também primers desenhados in house. Na fase I, foram realizadas análises de deteção molecular de SARS-CoV-2 em 61 zaragatoas nasofaríngeas colhidas post-mortem, utilizando primers desenhados in house. Os resultados foram comparados aos resultados de uma entidade externa, e foram obtidos valores de sensibilidade e especificidade iguais a 100%. Na fase II, foi possível detetar o genoma viral com uma concentração ínfima de 0,25 cópias/uL. Na fase III, foi avaliada a reprodutibilidade da análise no RT-PCR CFX96™ System em 30 amostras, utilizando primers desenhados in house e um kit comercial. Os resultados foram comparados aos resultados do equipamento validado na fase I, e não foi encontrada nenhuma divergência. Após a validação dos métodos e dos equipamentos, as análises de deteção molecular de SARSCoV- 2 em amostras colhidas post-mortem pelo Serviço de Clínica e Patologia Forense da Delegação do Norte, passaram a ser realizadas pelo LVACF-N. Entre 31/03/2023 e 21/07/2023, foram processadas 261 amostras, das quais 245 (93,87%) apresentaram resultado “negativo”, 12 (4,60%) “positivo” e 4 (1,53%) “indeterminável”; 177 (67,82%) foram colhidas em cadáveres do sexo masculino, 82 (31,42%) do sexo feminino, e 2 (0,76%) em cadáveres cujo sexo não foi identificado. A média de idade dos indivíduos foi de 63,25 anos, com valores entre 2 e 96 anos de idade. Em um curto intervalo de tempo, o LVACF-N validou metodologias e equipamentos, o que permitiu que as análises de deteção molecular de SARSCoV- 2 em amostras colhidas post-mortem pelo Serviço de Clínica e Patologia Forense desta Delegação, passassem a ser processadas internamente. Assim sendo, o LVACF-N aumentou a capacidade de autossuficiência do INMLCF, reduziu custos, possibilitou um maior aproveitamento de recursos, e pavimentou o caminho para a realização de outros tipos de análises de deteção molecular, a serem realizadas pelo LVACF-N num futuro próximo.
- In house Real-Time PCR multiplex for simultaneous detection of human influenza A and B virus and respiratory syncytial virusPublication . Fadoni, Jennifer; Cainé, Laura; Rodrigues, Joana; Mofreita, Vânia; Nascimento, Rui; Mukan, Olena; Corte Real, F.; Amorim, António
- A Base de Dados de Perfis de ADN no SGBF-NPublication . Ferreira Da Silva, Benedita; Cerqueira, Joana; Amorim, AntónioA Base de Dados de Perfis de ADN foi criada em 2008, através do diploma Lei n.º5/2008, de 12 de fevereiro, com o propósito de identificação civil e de investigação criminal. A entidade responsável por todas as operações inerentes é o Instituto Nacional de Medicina Legal e Ciências Forenses, I.P.. A análise do expediente a solicitar a inserção de determinada amostra (e.g. acórdão do tribunal), a análise do expediente a acompanhar as amostras colhidas por outra entidade (e.g. amostras de condenados colhidas pela PJ), remessa de ofícios a solicitar esclarecimentos ou correções, elucidar e informar as outras entidades envolvidas sobre questões prementes, proceder ao tratamento laboratorial das amostras, análise e organização da informação de dados pessoais, processuais e genéticos para envio e/ou inserção nos softwares, aplicações e plataformas devidas, são algumas das vastas funções de gestão documental e laboratorial inerentes à Base de Dados de Perfis de ADN. Desde o início do seu funcionamento a 12 de fevereiro de 2010 até 31 de dezembro de 2022 (início do Unidade de Base de Dados de Perfis de ADN), todas as funções acima descritas, à exceção da inserção dos dados pessoais e da partilha da informação com a Base de Dados do Prüm, que eram efetuadas apenas na sede do INMLCF, I.P., eram realizadas consoante o tribunal da área de atuação de cada um dos Serviços de Genética e Biologia Forenses de cada Delegação. O presente trabalho pretende fazer uma análise retrospetiva dos dados referentes à Base de Dados de Perfis de ADN tratados pelo Serviço de Genética e Biologia Forenses da Delegação Norte. Será realizada uma análise quantitativa do expediente enviado pelo tribunal (quer para o SGBF-N, quer diretamente para o LPC) e do volume amostral recebido no SGBF-N, com consequente inserção de dados e perfis na BD-ADN. Será ainda elaborado um esquema elucidativo do procedimento pré e pós criação da UBDADN.
- Hepatitis A: Ultrasensitive enzyme-linked fluorescence assay in occasional detection of prior contact in a medico-legal sample In LisbonPublication . Mofreita, Vânia; Cainé, Laura; Rodrigues, Joana; Nascimento, Rui; Mukan, Olena; Fadoni, Jennifer; Corte Real, F.; Amorim, António
- Next Generation Sequencing for variant detection of SARS-CoV-2 in a medico-legal context in the second year of the PandemicPublication . Rodrigues, Joana; Cainé, Laura; Mofreita, Vânia; Nascimento, Rui; Mukan, Olena; Fadoni, Jennifer; Corte Real, F.; Amorim, António
- Realização de autópsias moleculares em vítimas de morte súbita cardíaca utilizando sequenciação de nova geração (NGS)Publication . Fadoni, Jennifer; Cainé, Laura; Santos, Agostinho; Amorim, AntónioA morte súbita cardíaca (MSC) pode ser causada por diversas patologias cardíacas, e na população jovem, geralmente é causada por cardiomiopatias, das quais a cardiomiopatia hipertrófica (CMH) é a mais comum. A CMH é considerada a patologia cardiovascular de origem genética mais comum, e em muitos indivíduos, a MSC é a primeira manifestação clínica de CMH. Nestes casos, o indicado é que sejam realizados testes genéticos post-mortem, também conhecidos como autópsia molecular, cujo objetivo é identificar a causa genética que levou à morte. A sequenciação de nova geração (NGS) permite a análise de grandes regiões genómicas de forma rápida e gera uma grande quantidade de informação, sendo uma ferramenta eficaz na determinação das causas moleculares que levaram à morte, e na identificação de biomarcadores que devem ser investigados nos familiares diretos da vítima de MSC. Foram investigados os mecanismos moleculares que causam a CMH, e foram identificados os genes associados à CMH. A seguir, foram selecionados 16 casos de jovens vítimas de MSC com características de CMH, cuja autópsia foi realizada na Delegação do Norte INMLCF, e foi realizada uma autópsia molecular utilizando NGS para investigar as variantes genéticas presentes nas regiões codificantes de 40 genes selecionados. A seguir, foi feita uma expansão do painel de genes elaborado, de forma a abranger genes associados a diversas cardiomiopatias e arritmias. Inicialmente, foi elaborado um painel contendo 40 genes associados à CMH, candidatos, ou associados a CMH-fenocópias. A autópsia molecular realizada nos 16 indivíduos vítimas de MSC selecionados, revelou 37,5% de casos com resultados positivos com variantes patogénicas ou possivelmente patogénicas nos genes MYBPC3 e MYH7. Uma mesma variante genética foi identificada em 31,25% das vítimas de MSC analisadas, sugerindo a presença de uma variante genética fundadora na população Portuguesa. Posteriormente, foram criados dois paineis alargados, para a sequenciação de 62 e 82 genes, que serão utilizados na realização de autópsia molecular em casos de vítimas de MSC devido a arritmias e a cardiomiopatias, respectivamente. O uso de tecnologias NGS para a realização de autópsia molecular em vítimas de MSC fornece informações importantes sobre a etiologia molecular de distúrbios cardíacos. Até ao momento, os estudos genéticos post-mortem foram conclusivos em 37,5% dos casos analisados, com variantes patogénicas ou provavelmente patogénicas presentes nos genes MYBPC3 e MYH7, os principais genes associados à CMH. A mesma variante foi identificada em 31,25% vítimas de MSC analisadas, sugerindo a presença de uma variante genética fundadora na população Portuguesa. Este trabalho, resultou na elaboração de dois paineis de genes e o estudo será alargado a todos os casos de morte súbita em indivíduos com idade inferior a 50 anos e autópsia médico-legal clássica branca, presentes a todos os serviços do INMLCF, desde o ano de 2000 até a data atual.