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Implementação e validação do procedimento laboratorial por PCR em tempo real para diagnóstico do Covid-19 nos laboratórios da ESTBarreiro
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Advisor(s)
Abstract(s)
O presente documento descreve as atividades desenvolvidas no IPS COVID Lab, implementado nos laboratórios da Escola Superior de Tecnologia do Barreiro do Instituto Politécnico de Setúbal (ESTBarreiro/IPS), ao qual foi validado o procedimento obtendo o certificado pelo Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA).
Aborda o desenvolvimento da técnica de Reação em cadeia da polimerase em tempo real (RT-qPCR) para o diagnóstico da COVID-19, provocando pelo vírus SARS-CoV-2. Esta técnica foi estudada para uso de uma versão simplex (uso de um único tipo de sonda por reação) e versão multiplex (uso de vários tipos de sondas por reação). Ambas permitem detetar a presença do RNA do vírus em amostras biológicas nasofaríngeas e orofaríngeas, conseguindo assim, identificar indivíduos que tenham ou não a presença de zonas especificas do código genético do vírus (alvos virais N1 e N2).
Com este estudo conclui-se que é possível utilizar sondas simplex e multiplex para a deteção do vírus SARS-CoV-2, contudo, em multiplex, deverá ser utilizado apenas os alvos N1 e N2, pois em triplex existe competição de recurso que pode dar falsos resultados.
Também foi possível resolver problemas que foram aparecendo com a implementação do laboratório, como reações inespecíficas no alvo N2 e amplificação dos controlos negativos do alvo RP.
This report describes the activities developed at IPS COVID Lab, implemented in the laboratories of Escola Superior de Tecnologia do Barreiro do Instituto Politécnico de Setúbal (ESTBarreiro/IPS). In these facilities a procedure was validated obtaining a certification provided by Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA). The development of the Polymerase Chain Reaction technique in real time (RT-qPCR) for the COVID-19 diagnosis caused by the SARS-COV-2, is presented in this thesis. This technique was studied to be used in a simplex version (usage of one single reaction probe) and in a multiplex version (usage of several reaction probe types). Both methods allow to detect the virus RNA in nasopharyngeal and oropharyngeal biological samples, identifying those individuals who have parts of the genetic code of the virus (viral targets N1 and N2). This study proves that it is possible to use simplex and multiplex probes to detect the SARS- CoV-2 virus even though the multiplex must be used only on N1 and N2 targets, considering that in triplex exists competition for the resources originating misleading results. When implementing the laboratory some issues occurred, such as unspecific reactions on N2 target and amplification of negative controls on RP target.
This report describes the activities developed at IPS COVID Lab, implemented in the laboratories of Escola Superior de Tecnologia do Barreiro do Instituto Politécnico de Setúbal (ESTBarreiro/IPS). In these facilities a procedure was validated obtaining a certification provided by Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA). The development of the Polymerase Chain Reaction technique in real time (RT-qPCR) for the COVID-19 diagnosis caused by the SARS-COV-2, is presented in this thesis. This technique was studied to be used in a simplex version (usage of one single reaction probe) and in a multiplex version (usage of several reaction probe types). Both methods allow to detect the virus RNA in nasopharyngeal and oropharyngeal biological samples, identifying those individuals who have parts of the genetic code of the virus (viral targets N1 and N2). This study proves that it is possible to use simplex and multiplex probes to detect the SARS- CoV-2 virus even though the multiplex must be used only on N1 and N2 targets, considering that in triplex exists competition for the resources originating misleading results. When implementing the laboratory some issues occurred, such as unspecific reactions on N2 target and amplification of negative controls on RP target.
Description
Keywords
Covid-19 Multiplex RT-QPCR SARS-COV-2 Simplex