Browsing by Author "Lucas, Isabel"
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- 16 Y-Specific STR Analysis in Human Remains IdentificationPublication . Vieira-Silva, Cláudia; Cruz, C.; Ribeiro, Teresa; Lucas, Isabel; Geada, H.; Espinheira, R.Forensic investigation often requires the use of degraded biological material, especially for determining the identity of human remains. Y-STRs, offer new perspectives for identification and kinship analysis especially on forensic deficiency cases 1 in complement of autosomal STRs. The non-recombining portion of the Y-chromosome is of value providing additional data in paternal lineage identification. The aim was the study of 16 Y-STR loci to perform human remains identification - the minimal Y-STR haplotype - DYS19, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS19, DYS389I/II, DYS385 – and – GATA A .1(DYS460), GATA A 7.2 (DYS461), GATA C4, GATA H4, DYS437, DYS438, DYS439 loci, that are part of the Y-chromosome quality control Group of the Spanish and Portuguese Group (GEPY) of the ISFG. Y-STR typing in degraded biological material has major technical challenges since each sample has unique characteristics. The best results were obtained in autopsy bloodstains may be due to the fact that the autolysis mechanisms are still incipient. Otherwise blood kept at 4º C for more than a year didn’t provide the same good results. Liquid blood samples from deceased individuals may contain porfirinic compounds from hemoglobin, powerful PCR inhibitors difficult to eliminate9. In bone and teeth samples the source of inhibitors may be a high amount of DNA from other micro-organisms such as bacteria and fungi which invade bone9 and probably this kind of contaminants can explain some of the results obtained in bones and teeth samples submitted to prolonged humidity, temperature environmental conditions and also adverse soil characteristics. The problem with the studied samples seems not to be DNA quantity but the out-of-control presence of inhibitors that interfere not only with the extraction but also with the amplification process because most of the results were obtained with a dilution of DNA extraction and adding more Taq, sometimes 2 or 3 fold. With these samples, it seems that the success or failure depends on each sample itself and it should be treated individually. The number of distinct factors connected to each sample is difficult to calculate, so it is necessary to make a few attempts in order to have as many results as possible.
- Analysis of 17 STR data on 5362 southern Portuguese individuals—an update on reference databasePublication . Silva, Raquel Cabezas; Ribeiro, Teresa; Lucas, Isabel; Porto, Maria João; Santos, Jorge Costa; Dario, PauloThe main objective of this work consisted of the updating of allele frequencies and other relevant forensic parameters for the 17 autosomal STR loci provided by the combination of the two types of kits used routinely in our laboratory casework: AmpF/STR Identifiler® and the Powerplex® 16 Systems. This aim was of significant importance, given that the last study on these kits within the southern Portuguese population dates back to 2006, and, as a consequence, it was necessary to correct the deviation caused by population evolution over the last ten years so that they might be better applied to our forensic casework. For this reason genetic data from 5362 unrelated Caucasian Portuguese individuals from the south of Portugal who were involved in paternity testing casework from 2005 to 2014 was used. Of all the markers, TPOX proved to be the least polymorphic, and Penta E the most. Secondly, this up-to-date southern Portuguese population was compared not only with the northern and central Portuguese populations, but also with that of southern Portugal in 2006, along with populations from Spain, Italy, Greece, Romania, Morocco, Angola and Korea in order to infer information about the relatedness of these respective populations, and the variation of the southern Portuguese population over time.
- Analysis of 17 STR data on 5362 southern Portuguese individuals-an update on reference databasePublication . Cabezas Silva, Raquel; Ribeiro, Teresa; Lucas, Isabel; Porto, Maria João; Costa Santos, Jorge; Dario, PauloThe main objective of this work consisted of the updating of allele frequencies and other relevant forensic parameters for the 17 autosomal STR loci provided by the combination of the two types of kits used routinely in our laboratory casework: AmpF/STR Identifiler(®) and the Powerplex(®) 16 Systems. This aim was of significant importance, given that the last study on these kits within the southern Portuguese population dates back to 2006, and, as a consequence, it was necessary to correct the deviation caused by population evolution over the last ten years so that they might be better applied to our forensic casework. For this reason genetic data from 5362 unrelated Caucasian Portuguese individuals from the south of Portugal who were involved in paternity testing casework from 2005 to 2014 was used. Of all the markers, TPOX proved to be the least polymorphic, and Penta E the most. Secondly, this up-to-date southern Portuguese population was compared not only with the northern and central Portuguese populations, but also with that of southern Portugal in 2006, along with populations from Spain, Italy, Greece, Romania, Morocco, Angola and Korea in order to infer information about the relatedness of these respective populations, and the variation of the southern Portuguese population over time.
- Aplicação de Y -STRs em casos forensesPublication . Vieira Da Silva, Cláudia; Viriato, Luís; Cruz, Carla; Lucas, Isabel; Ribeiro, TeresaNos últimos anos, o interesse no estudo do cromossoma Y tem aumentado continuamente, como aplicação forense e ao nível do estudo populacional. Os Y-STRs foram introduzidos no Serviço de Genética Forense para resolução de casos complexos, essencialmente de casos com ausência de pretenso pai.Inicialmente foi efectuado um estudo do haplotipo mínimo, constituído pelos sistemas DYS19, DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393 e DYS385. Posteriormente, foram introduzidos os sistemas DYS437, DYS438, DYS439, GATA A 7.1, GATA A 7.2, GATA C4, GATA A10 e GATA H4.Cada indivíduo apresenta a individualização única da sua linha paterna, tendo sido obtidos 71 haplotipos diferentes referentes às 71 amostras analisadas. Foram efectuadas comparações dos haplotipos mínimos (DYS19,389I/II,390,391,392,393,385) com a Base Internacional do Cromossoma Y, não se tendo detectado haplotipos idênticos a algumas das amostras da população portuguesa, o que lhes confere características próprias da sua localização geográfica Apesar da ocorrência de possíveis mutações ao nível dos Y-STRs, esta metodologia é muito útil para a resolução de casos complexos de investigação de paternidade
- Aplicação do Powerplex Y System no estudo de casos de agressão sexualPublication . Vieira da Silva, Cláudia; Cruz, C.; Ribeiro, Teresa; Lucas, Isabel; Espinheira, R.O cromossoma Y é especificamente masculino, haploide e transmitido de pai para filho sem alterações, a menos que tenham ocorrido mutações A maior vantagem do estudo dos STRs do cromossoma Y, em contraste com os STRs autossómicos é a amplificação selectiva do ADN masculino. Os STRs do cromossoma Y têm propriedades de utilidade forense especialmente quando aplicados em vestígios biológicos provenientes de casos de agressão sexual, em que um suspeito masculino está envolvido, o que acontece praticamente na totalidade dos casos. Diversas metodologias são aplicadas desde há longa data no estudo de vestígios biológicos provenientes de agressões sexuais, como a pesquisa de espermatozóides, a pesquisa de esperma pela reacção de Fosfatase Ácida e o estudo do gene homólogo da Amelogenina Da amplificação desta região dos cromossomas sexuais resultam fragmentos com 106 pb do cromossoma X e 112 pb do cromossoma Y, mas, se o material biológico feminino estiver em muito maior quantidade que o masculino, ao realizar o estudo da Amelogenina pode ser difícil detectar o cromossoma Y. Neste estudo com aplicação do Powerplex® Y System detecta se de forma inequívoca a presença de material genético de origem masculina, obtendo se um perfil genético ou haplotipo que poderá ser comparado com o dos suspeitos. Este kit está comercialmente disponível e validado e permite a amplificação simultânea de 12 Y STRs DYS 19 DYS 385 a/b, DYS 389 I, DYS 389 II, DYS 390 DYS 391 DYS 392 DYS 393 DYS 437 DYS 438 DYS 439.Nos casos de agressão sexual, o ADN autossómico do agressor pode surgir mascarado com o da vítima conduzindo a uma “sobrerepresentação”do perfil genético da mesma Q uando os vestígios biológicos do agressor estão presentes em muito pequena quantidade e os resultados da fosfatase ácida para pesquisa de esperma são negativos, a pesquisa de Y STRs pode ser um complemento fundamental para a prova de que existe nas amostras estudadas material genético de origem masculina . A pesquisa de Amelogenina pode não ser a forma mais eficiente de comprovar a presença de material biológico masculino Nos casos em que a presença de material biológico masculino é escasso comparativamente ao da vítima (figura 2 ou quando ocorre delecção no gene da Amelogenina do cromossoma Y do agressor, este pode não ser detectado na análise de fragmentos, Nos casos em que se pode comparar o perfil genético das amostras com o perfil do suspeito, o estudo dos STRs autossómicos pode ser difícil de interpretar numa mistura de material biológico, sobretudo se estiver envolvido mais do que um suspeito O estudo dos Y STRs nestas amostras permite excluir imediatamente o(s) suspeito(s) se o perfil genético ou haplótipo não for coincidente. Se ocorrer coincidência dos resultados os restantes membros da mesma linha paterna não podem ser excluídos .Quando a vítima é um indivíduo do sexo masculino os resultados obtidos também são válidos, sendo possível identificar o perfil genético do agressor conhecendo o perfil genético da vítima, desde que não pertençam à mesma linha paterna.O Kit Powerplex®Y system poderá ser uma ferramenta muito útil para detectar quantidades mínimas de ADN masculino nas amostras recomendando se a sua utilização nos casos de agressão.
- Assessment of IrisPlex-based multiplex for eye and skin color prediction with application to a Portuguese populationPublication . Dario, Paulo; Mouriño, Helena; Oliveira, Ana Rita; Lucas, Isabel; Ribeiro, Teresa; Porto, Maria João; Santos, Jorge Costa; Dias, Deodália; Real, Francisco Corte"DNA phenotyping research is one of the most emergent areas of forensic genetics. Predictions of externally visible characteristics are possible through analysis of single nucleotide polymorphisms. These tools can provide police with “intelligence” in cases where there are no obvious suspects and unknown biological samples found at the crime scene do not result in any criminal DNA database hits. IrisPlex, an eye color prediction assay, revealed high prediction rates for blue and brown eye color in European populations. However, this is less predictive in some non-European populations, probably due to admixing. When compared to other European countries, Portugal has a relatively admixed population, resulting from a genetic influx derived from its proximity to and historical relations with numerous African territories. The aim of this work was to evaluate the utility of IrisPlex in the Portuguese population. Furthermore, the possibility of supplementing this multiplex with additional markers to also achieve skin color prediction within this population was evaluated. For that, IrisPlex was augmented with additional SNP loci. Eye and skin color prediction was estimated using the multinomial logistic regression and binomial logistic regression models, respectively. The results demonstrated eye color prediction accuracies of the IrisPlex system of 90 and 60 % for brown and blue eye color, respectively, and 77 % for intermediate eye color, after allele frequency adjustment. With regard to skin color, it was possible to achieve a prediction accuracy of 93 %. In the future, phenotypic determination multiplexes must include additional loci to permit skin color prediction as presented in this study as this can be an advantageous tool for forensic investigation."
- Biological Evidences and Sexual Assault in Forensic MedicinePublication . Vieira, Claudia; Lucas, Isabel; Ribeiro, Teresa; Costa Santos, J.; Espinheira, RosaIntroduction Sexual assault crimes are ubiquitous; usually unwitnessed, so victim’s statements may be the only direct evidence that it has occurred. Medical examination and biological samples collection are of inequivocal importance. Presence of spermatozoa in smears, elevated acid phosphatase and the presence of Y-STR profiler in the victim’s evidence’s, could be crucial to corroborate victim’s testimony. The Y chromosome is far the most important scientific evidence, not only due to it’s gender specificity and easy amplification in a male/female mixtures, but also because it can easily contribute for the number of unrelated male contributor’s estimation in an biological evidence. The aim of this study is to ascertain a few characteristics concerning sexual harassment and a Y-haplotype profile obtention, which may help to prove or disprove a link between individuals and objects or places. Methodology Biological samples from 782 sexual assault cases were studied. Glass slide vaginal and anal smears were stained with Papanicolau’s and Harris Hematoxilin Solution. For the phosphatase test, a commercially available test paper strip was used (Phosphatesmo KM). DNA was extracted by phenol chloroform method and PCR amplification was performed with Powerplex® Y (Promega) or AmpF1STR Y-Filer (Applied Biosystems). Fragment analysis was done by capillary electrophoresis in an ABI 3130xl. Laboratory results were compared with other data such as, victim age, alleged assailant number, time between the act and collection of biological samples. Significant variables were entered in a logistic regression model using SPSS 17.0 for data analysis. Results and conclusion Descriptive analysis reveals that victim’s age varies between 1 to 90 years old, but almost 20% were under 12 years old. Almost 87% of cases had one perpetrator. Only 10% of the victim’s declared that they had consent sexual intercourse, in the previous 48 hours and 32% take a bath before the exam. Another variable studied was the mean time of 15 hours between the act and biological sample collection. Logistic regression demonstrates that the last two variables are of considerable importance in Y-profile obtention. Concerning acid phosphatase results a male genetic identification was obtained in 12,5 % of the negative cases. In conclusion, Y-STRs study, due to their sensitivity and specificity, should be used in every sexual assault cases, contributing to the final identification of perpetrator’s, and corroborating the victim’s story.
- Contribuição do Y-DNA na identificação de agressoresPublication . Vieira da Silva, Cláudia; Dario, Paulo; Ribeiro, Teresa; Lucas, Isabel; Cruz, C.; Espinheira, R.Os loci do cromossoma Y (Y-STRs) têm sido extensivamente investigados em ciências forenses para identificação de indivíduos do sexo masculino. A aplicação dos Y-STRs, simplifica a análise de misturas, por apenas permitir a amplificação do material genético masculino do s vestígios biológicos. “Y-STR testing” tem sido considerada uma ferramenta adicional valiosa em casos que envolvem misturas de grandes quantidades de DNA feminino com pequenas quantidades de DNA masculino ou/e em casos de múltiplos dadores de sémen. A aplicação dos Y-STRs em análises de misturas evita a necessidade de realizar uma extracção diferencial de esperma e de células epiteliais. Estes procedimentos de extracção têm um valor limitado em amostras com contribuições masculino/feminino desbalanceadas ou em restos de fluidos biológicos sem espermatozóides.Apesar do baixo poder de discriminação dos Y-STRs e de todos os indivíduos da mesma linha paterna, neste estudo ficou demonstrado que em casos forenses a análise dos Y-STRs é indispensável devido à especificidade de amplificação genética da componente masculina de uma amostra biológica. Em alguns casos em que a quantidade de material masculino é insuficiente para ser detectado um perfil completo com os sistemas do haplotipo mínimo (9 loci), mesmo não sendo estes sistemas suficientes para afirmar que a amostra do suspeito coincide com a da vítima poderemos afirmar que um indivíduo pode ser excluído de ser contribuinte de algum vestígio biológico, se não existir existir coincidência entre alguma das características genéticas do suspeito e as características genéticas dos vestígios encontrados. Os resultados obtidos demonstram que todas as amostras dos casos de violação devem ser estudados com sistemas multiplex de grande sensibilidade de Y-STRs. A presença de Y-DNA constitui prova de contacto sexual sendo importante para corroborar o testemunho das vítimas de abuso sexual.
- Escala de fatores de resiliência de Takviriyanun :Publication . Vilelas, José; Lucas, Isabel; Silva, Isabel Santos; Nunes, Ana Paula; Neves, Isabel Castanheira dasIntrodução: A maioria dos autores defende que a resiliência é efetiva para enfrentar adversidades e promover a saúde mental, com especial incidência na esfera emocional. O aumento do interesse pelo conceito de resiliência evidencia a necessidade do desenvolvimento de instrumentos de avaliação adequados a este constructo. Em Portugal, são escassas as escalas que avaliem os fatores de resiliência em jovens adultos. Nesta perspetiva, para que se estenda a amplitude dos estudos sobre resiliência e se consolidem os resultados sobre o tema, torna-se importante a utilização de instrumentos de medida válidos e fidedignos, de rápida aplicação e interpretação. Objetivo: Este estudo teve como objetivo validar a Escala “The Resilience Factors Scale” (RFS) de Takviriyanun (2008), para a população portuguesa. Participantes e Métodos: A escala foi traduzida e adaptada culturalmente para português e aplicada a uma amostra de 188 estudantes do Curso de Licenciatura em Enfermagem da Escola Superior de Saúde da Cruz Vermelha Portuguesa. Esta escala foi testada quanto à sua adequação, compreensão, validade de face e de conteúdo tendo sido avaliadas as suas propriedades psicométricas, através do Coeficiente Alpha (α) de Cronbach e da análise fatorial exploratória e confirmatória. Resultados: Os participantes apresentaram uma média de idades de 22 anos, sendo que 81,1% eram do sexo feminino. Durante o tempo letivo, estes permaneceram na sua residência habitual (90,4%), em meio urbano (89,8%). Os 27 itens da escala, após recurso à análise fatorial exploratória, ficaram reduzidos a 21, agrupados em duas subescalas: Competências de resolução de problemas e Competências sociais e suporte social, cuja consistência interna foi de (α) =.75 e .74, respetivamente e com uma variância total da escala explicada de 52,2%. Através da análise fatorial confirmatória testou-se que o modelo de dois fatores era o que apresentava índices de qualidade de ajustamento aceitáveis. Discussão e Conclusão: No processo de validação foi encontrada uma estrutura de relação entre os diferentes itens da escala, não coincidente com o modelo original. Desta forma os itens agruparam-se em duas subescalas. A escala dos fatores de resiliência, na versão traduzida e adaptada para português, demonstrou ser de fácil aplicabilidade, com uma consistência interna de .81, que permite explicar os fatores individuais e sociais que influenciam a resiliência nos jovens adultos. As implicações destes resultados sugerem-nos futuros estudos.
- Estudo da correlação entre a presença de sémen e de ADN masculino em amostras forenses de casos de agressão sexualPublication . Pimentel, Mariana; Dourado, Catarina; Lucas, Isabel; Amorim, António; Vieira da Silva, CláudiaNos casos de investigação criminal que envolvem agressão sexual, a abordagem laboratorial tem como objetivo a determinação da existência de fluídos corporais, nomeadamente sémen, e a respetiva identificação genética, que por análise comparativa contribui para a identificação do contribuinte para determinado vestígio. O sémen é um dos vestígios biológicos com maior predominância nos processos de agressão sexual, pelo que a sua deteção tem particular importância. Este fluído biológico contém uma glicoproteína designada por PSA (Antigénio Prostático Específico), que contribui para a liquefação do sémen, facilitando a mobilidade dos espermatozoides. A identificação positiva de sémen pode ser extremamente importante para suportar a alegação de um crime de abuso sexual, pelo que testes de orientação e de certeza são pertinentes para a identificação deste fluido biológico. No SGBF-S, a presença de sémen é detetada através do teste SERATEC® PSA semiquant test (SERATEC®), que deteta a presença da PSA através de dois anticorpos monoclonais. Deste método resulta uma reação colorimétrica, cujos resultados são classificados internamente com base na intensidade da banda teste, em comparação com o controlo positivo interno. A determinação da presença de sémen é efetuada em paralelo com a extração e quantificação de ADN, com o objetivo de tomar decisões relativamente aos marcadores genéticos a amplificar. Este trabalho tem como objetivo determinar a relação entre a presença de sémen e a concentração de ADN masculino presente na amostra biológica. Foi recolhida a informação de 100 processos estudados no SGBF-S, num total de 380 amostras analisadas. Foram comparados os resultados das provas de orientação com os resultados de quantificação para ADN masculino. A extração de ADN foi efetuada pelo método PrepFiler Express™ Forensic DNA Extraction Kit (Applied Biosystems™) num AutoMate Express Forensic DNA Extraction System e a quantificação pelo método de Quantifiler™ Trio DNA Quantification Kit (Applied Biosystems™) num equipamento 7500 Real-Time PCR System. Os resultados das provas de orientação foram convertidos numa escala de 1 (negativo) a 5 (positivo intenso), Congresso Nacional de Medicina Legal e Ciências Forenses 2 / 2 de acordo com a intensidade obtida. A análise descritiva efetuada no Excel, permitiu verificar que foram obtidos resultados de concentração de ADN masculino nulos ou muito próximos de nulo, independentemente da intensidade da reação colorimétrica do Seratec. Paralelamente verificamos valores até 0.4221 ng/μL em amostras com reação negativa para a pesquisa de sémen. Estes resultados parecem indicar que a presença de ADN masculino pode ter outra origem distinta da presença de sémen. Não obstante, tal como esperado, observa-se que, tendencialmente, a presença de ADN masculino parece estar correlacionada com a intensidade da reação de pesquisa de sémen pelo método descrito.
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