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Previsão da estrutura de proteínas com modelos HP
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Abstract(s)
O presente documento foi realizado no âmbito da unidade curricular Estágio/Projecto
Industrial do segundo ano de Mestrado em Informática e Sistemas – ramo
Desenvolvimento de Software do Instituto Superior de Engenharia de Coimbra.
A previsão da estrutura de proteínas é um problema importante e de difícil resolução.
Este problema consiste na obtenção da estrutura tridimensional de uma proteína a
partir da sua sequência de aminoácidos. A sua resolução pode ser a chave para o
conhecimento da origem de certas doenças, e um grande passo para a sua cura.
Uma das possíveis abordagens para resolver este problema é recorrer a simulações
computacionais que efectuem a previsão da estrutura tridimensional. No contexto
deste trabalho, estas simulações computacionais são feitas recorrendo a modelos HP
que simplificam a cadeia de aminoácidos e o processo de criação da estrutura
tridimensional. A obtenção da estrutura é feita recorrendo a algoritmos de
optimização baseados em colónias de formigas.
No âmbito deste projecto foram desenvolvidos e testados algoritmos de optimização
baseados em colónias de formigas. As variantes implementadas foram: o Ant System,
Elitist Ant System, Rank-based Ant System e o Max-Min Ant System. Estes
algoritmos foram aplicados aos modelos HP para a previsão de estrutura de proteínas.
Com base neste projecto foi ainda desenvolvida uma aplicação web, que pode ser
utilizada para fazer a previsão da estrutura de proteínas.
Description
Keywords
Algoritmos de optimização Simulação computacional Aplicações Web