Santos, SóniaSantos, Rafael Alexandre Martins Marques dos2024-12-092024-09http://hdl.handle.net/10400.26/53042The presence of non-indigenous species (NIS) in a given location can cause negative socio-economic, ecological and environmental impacts. The Albufeira Lagoon (W Portugal), a brackish water lagoon with intermittent contact with the Atlantic Ocean, currently harbors a variety of NIS. Among these, the solitary ascidian Styela plicata (Lesueur, 1823) has caused problems to the mussel farming operations present in the lagoon. The objectives of this work were the following: i) provide a preliminary assessment of the haplotypic composition of the S. plicata population present in the lagoon, in comparison with other established populations worldwide and ii) assess the most probable entry vectors into the Lagoon, through the construction of a haplotype network. S. plicata sampling was carried out from 2017 to 2021, in the Albufeira Lagoon and in two additional locations: the Setúbal fishing port and the Real Club Náutico, in Vigo, Spain. Muscular tissue was collected from sampled specimens and its DNA extracted through the use of an extraction kit. Publicly available S. plicata sequences were obtained from the NCBI and BOLDSystems platforms and added to the network in order to compare the haplotypic constitution and diversity of the lagoon with other locations worldwide, as well as to study its phylogeographic routes and narrow down the number of possible entry vectors to only the most probable ones. From the resulting DNA extract, a fragment of the cytochrome c oxidase subunit I gene was amplified through PCR and later sequenced. A minimum spanning haplotype network was constructed, using all sequences as input. The resulting haplotype network indicated a more intense phylogeographical link between sequences collected in Portugal and Spain, with both grouped into an haplotype with large geographical expression. This suggests that the Lagoon was, and perhaps still is, subject to multiple introduction events from two probable vectors, both of anthropogenic origin: i) as biofouling in the hulls and ballast waters of small fishing or recreational vessels, probably anchored in fouled areas like ports or marinas and ii) as a contaminant in translocated mussel seeds used in the nearby aquaculture operations, possibly sourced from a fouled area.A presença de espécies não-indígenas (ENI) numa determinada localização pode implicar impactos sócio-económicos, ecológicos e ambientais negativos. A Lagoa de Albufeira, uma lagoa de água salobra localizada em Portugal continental, com contacto intermitente com o Oceano Atlântico, alberga correntemente uma variedade de ENI. Entre elas, a ascídia solitária Styela plicata (Lesueur, 1823) já causou efeitos adversos às operações de mitilicultura presentes na lagoa. Este trabalho teve os seguintes objetivos: i) avaliar preliminarmente a composição haplotípica da população de S. plicata presente na lagoa, em comparação com outras populações estabelecidas mundialmente e ii) averiguar os possíveis vetores de entrada da ascídia na lagoa, através da elaboração de uma rede de haplótipos. A amostragem de S. plicata realizou-se entre 2017 e 2021, na Lagoa de Albufeira e em dois locais adicionais: no porto de pesca de Setúbal e no Real Club Náutico, em Vigo, Espanha. Foi recolhido tecido muscular dos espécimes, sendo o seu DNA extraído por meio de kit de extração. Foram obtidas sequências de S. plicata, publicamente disponíveis nas plataformas NCBI e BOLDSystems e adicionadas à rede, de forma a permitir comparar a constituição e diversidade haplotípica de diferentes localizações a nível mundial com a lagoa, bem como estudar rotas filogeográficas e reduzir o número dos possíveis vetores de entrada apenas aos mais prováveis. Usando o extracto de DNA resultante, um fragmento do gene citocromo oxidase subunidade I foi amplificado por PCR, e posteriormente sequenciado. Usando a totalidade das sequências como input, foi construída uma rede de haplótipos minimum-spanning. A rede de haplótipos resultante indicou uma conexão filogeográfica de maior intensidade entre sequências colhidas em Portugal e Espanha, sendo estas agrupadas num haplótipo com larga expressão geográfica. Assim, a Lagoa foi, e possivelmente continua a ser, sujeita a múltiplos eventos de introdução por parte de dois possíveis vetores, ambos de origem antropogénica: i) como biofouling em cascos e águas de lastro de pequenas embarcações de pesca ou recreio, provavelmente ancoradas em zonas de maior contaminação, como portos ou marinas e ii) como contaminante em sementes de mexilhão translocadas para a lagoa e usadas nas operações de mitilicultura próximas, tendo estas sido possivelmente colhidas em zonas contaminadas.porAlbufeira LagoonHaplotype networkNon-indigenous speciesPhylogeographyEspécies não-indígenasFilogeografiaLagoa de AlbufeiraRede de haplótiposmaster thesis