Anastácio, Sofia FerreiraFerreira, Bárbara Joana Malta2021-11-292021-11-292021-07-28http://hdl.handle.net/10400.26/38124A bronquite infecciosa aviária, causada por um coronavírus aviário, é um grave problema na produção avícola em todo o mundo, sendo responsável por perdas económicas significativas, com uma taxa de morbilidade a rondar os cem por cento. A principal forma de prevenção e controlo desta doença é conseguida através da vacinação. Contudo, devido às características de replicação do vírus, novas variantes sem proteção cruzada entre si estão constantemente a surgir, tornando a vacinação não efetiva. Atualmente, a deteção do coronavírus aviário pode ser feita através de isolamento viral e métodos serológicos. Contudo, a primeira técnica é trabalhosa e demorada, e, a segunda caracteriza-se por ter baixa especificidade e sensibilidade. Assim, os métodos de deteção molecular são uma alternativa, designadamente, a reação em cadeia da polimerase (PCR) em tempo real, que apresenta importantes vantagens tais como, tempo de deteção reduzido, elevada sensibilidade e especificidade e menor risco de contaminação cruzada. Adicionalmente é passível de ser usada no rastreio do vírus nas explorações, e assim, na vigilância nas explorações reduzindo trabalho, tempo e custos. O objetivo deste estudo foi desenvolver e validar um método para deteção do vírus da bronquite infecciosa (IBV) por PCR em tempo real. O método é baseado numa reação de transcriptase reversa seguida de PCR em tempo real para determinação qualitativa, isto é, ausência ou presença do coronavírus aviário, usando como alvo uma região altamente conservada do genoma do IBV, 5′-UTR, e, incluindo também, um controlo interno de PCR. Os resultados demonstraram que o ensaio foi específico para o IBV, não tendo sido detetado nenhum dos restantes agentes patogénicos testados. Para além disso, também demonstrou adequada sensibilidade, eficiência de amplificação e intra e inter- variabilidade. Embora este método não permita diferenciar os diferentes tipos de IBV, é útil no rastreio rápido, facilitando assim, o diagnóstico diferencial relativamente a outros agentes patogénicos respiratórios.Avian Infectious Bronchitis, caused by an avian coronavirus, is a major problem on poultry production throughout the world causing significant economic losses, with a morbidity rate of around one hundred percent. The main way to prevent and control this disease is achieved through vaccination. However, due to the characteristics of virus replication, new variants without cross-protection constantly appear, making the vaccination non effective. Currently the available methods for detection of avian coronavirus include virus isolation and serological assays. Nevertheless, the first are laborious and time consuming and the latter have limited specificity and sensitivity. Thus, molecular detection methods are an alternative to overcome these limitations, such as real-time Polymerase Chain Reaction (real-time PCR) which presents important advantages such as, a shorter detection time, improved sensitivity and specificity, reduced risk of carrying-over contamination and it is possible to use it to screen the virus in flocks and thus in surveillance of commercial poultry flocks reducing labor, time and costs. The aim of this study was to develop and validate a technique for detection of Infectious Bronchitis Virus (IBV) by real-time PCR. The method is based on a reverse-transcription real-time PCR for qualitative determination, i.e., the absence or presence of the avian coronavirus, by using a highly conserved target region of the 5′ untranslated region (UTR) of the IBV genome and including an internal PCR control. The results showed that the assay was specific for IBV and did not detect the others tested pathogens. Also, it has adequate sensitivity, amplification efficiency (AE) and intra- and interassay variability. Although, this real-time PCR method does not differentiate IBV types, it allows rapidly screening of IBV, thus facilitating differential diagnosis with other respiratory pathogens.engBronquite infecciosa aviáriaCoronavírus aviárioDiagnósticoReação em cadeia da polimerase em tempo realValidaçãoAviculturaAvian infectious bronchitisAvian coronavirusDiagnosisReal time polymerase chain reactionValidationPoultrymaster thesis202802159