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Recent Submissions
A rapid and affordable screening tool for early-stage ovarian cancer detection based on MALDI-ToF MS of blood serum
Publication . Pais, Ricardo J.; Zmuidinaite, Raminta; Lacey, Jonathan C.; Jardine, Christian S.; Iles, Ray K.
Ovarian cancer is a worldwide health issue that grows at a rate of almost 250,000 new cases every year. Its early detection is key for a good prognosis and even curative surgery. However, current medical examination methods and tests have been inefficient in detecting ovarian cancer at the early stage, leading to preventable death. So far, new screening tests based on molecular biomarker analysis techniques have not resulted in any substantial improvement in early-stage diagnosis and increased survival. Thus, whilst there remains clear potential to improve outcomes through early detection, novel approaches are needed. Here, we postulated that MALDI-ToF-mass-spectrometry-based tests can be a solution for effective screening of ovarian cancer. In this retrospective cohort study, we generated and analyzed the mass spectra of 181 serum samples of women with and without ovarian cancer. Using bioinformatics pipelines for analysis, including predictive modeling and machine learning, we found distinct mass spectral patterns composed of 9–20 key combinations of peak intensity or peak enrichment features for each stage of ovarian cancer. Based on a scoring algorithm and obtained patterns, the optimal sensitivity for detecting each stage of cancer was 95–97% with a specificity of 97%. Scoring all algorithms simultaneously could detect all stages of ovarian cancer at 99% sensitivity and 92% specificity. The results further demonstrate that the matrix and mass range analyzed played a key role in improving the mass spectral data quality and diagnostic power. Altogether, with the results reported here and increasing evidence of the MS assay’s diagnostic accuracy and instrument robustness, it has become imminent to consider MS in the clinical application for ovarian cancer screening.
A phylogenomic approach for the analysis of colistin resistance-associated genes in Klebsiella pneumoniae, its mutational diversity and implications for phenotypic resistance
Publication . Elias, Rita; Spadar, Anton; Phelan, Jody; Melo-Cristino, José; Lito, Luís; Pinto, Margarida; Gonçalves, Luísa; Campino, Susana; Clark, Taane G.; Duarte, Aida; Perdigão, João
The emergence of carbapenemase-producing Klebsiella pneumoniae strains has triggered the use of old antibiotics such as colistin. This is driving the emergence of colistin resistance in multidrug-resistant strains that underlie life-threatening infections. This study analyses the mutational diversity of 22 genes associated with colistin resistance in 140 K. pneumoniae clinical isolates integrated in a high-resolution phylogenetic scenario. Colistin susceptibility was accessed by broth microdilution. A total of 98 isolates were susceptible and 16 were resistant, 10 of which were carbapenemase producers. Across the 22 genes examined, 171 non-synonymous mutations and 9 mutations associated with promoter regions were found. Eighty-five isolates had a truncation and/or deletion in at least one of the 22 genes. However, only seven mutations, the complete deletion of mgrB or insertion sequence (IS)-mediated disruption, were exclusively observed in resistant isolates. Four of these (mgrB Ile13fs, pmrB Gly207Asp, phoQ His339Asp and ramA Ile28Met) comprised novel mutations that are potentially involved in colistin resistance. One strain bore a ISEcp1-blaCTX-M-15::mgrB disruption, underlying co-resistance to third-generation cephalosporins and colistin. Moreover, the high-resolution phylogenetic context shows that most of the mutational diversity spans multiple phylogenetic clades, and most of the mutations previously associated with colistin resistance are clade-associated and present in susceptible isolates, showing no correlation with colistin resistance.
In conclusion, the present study provides relevant data on the genetic background of genes involved with colistin resistance deeply rooted across monophyletic groups and provides a better understanding of the genes and mutations involved in colistin resistance.
CICLO REPRODUTIVO, ÍNDICE DE CONDIÇÃO E TAMANHO DE PRIMEIRA MATURAÇÃO SEXUAL DA AMÊIJOA-JAPONESA Ruditapes philippinarum (ADAMS & REEVE, 1850) NA RIA DE AVEIRO, PORTUGAL
Publication . Maia, Francisco; Barroso , Carlos; Gaspar, Miguel; Instituto Português do Mar e da Atmosfera
This study reports the reproductive cycle, condition index and the size at first maturity of the Manila clam Ruditapes philippinarum in Ria de Aveiro (Portugal). The reproductive cycle was monitored over 1-year period, from January to December 2013, and the development of the gonads was classified into six successive maturity stages according with the microscopic observation of histological sections of the gonads. Spawning extended from April to October, with a peak by the end of summer (August and September). The condition index showed a distinct seasonal pattern which appear to be related to the reproductive cycle. The size at first sexual maturity was attained at a shell length of 20.0 mm, within the first year of life. Additionally, the reproductive strategy and the growth parameters were compared between the Manila clam and its congeneric native species the Grooved carpet shell clam (Ruditapes decussatus).
Plasma Rico em Plaquetas no Tratamento de Éguas com Endometrite Persistente Pós-cobrição/Inseminação Artificial: Avaliação da Eficácia Clínica
Publication . Vigreux, Eloïse; Reis, Joana Leal Freire Quelhas
A endometrite persistente pós-cobrição/inseminação artificial tem uma etiologia multifatorial e afeta
uma grande proporção de éguas reprodutoras com historial de falhas reprodutivas. Sabe-se
atualmente que uma endometrite fisiológica e transitória ocorre em resposta à presença de
espermatozoides alogénicos, detritos celulares e imunológicos, bem como bactérias comensais ou
patogénicas, sem que, à primeira vista, a origem seja necessariamente infeciosa.
Distinguem-se duas populações de éguas reprodutoras quanto à sua capacidade de modular a resposta
inflamatória uterina de forma eficaz e atempada. As éguas consideradas resistentes conseguem, nas
primeiras 48 horas, reduzir a presença de neutrófilos, citoquinas pró-inflamatórias, bem como o
edema endometrial e o fluido intrauterino acumulado. Por outro lado, as éguas suscetíveis apresentam
um atraso na limpeza uterina, um desequilíbrio entre as citoquinas pró e anti-inflamatórias, e
acumulação de fluido e edema endometrial, criando um ambiente uterino desfavorável à migração e
implantação embrionária.
Embora as terapias convencionais mostrem eficácia em muitas éguas, algumas continuam a não
responder aos tratamentos. A resistência crescente e as limitações no uso de antibióticos sem testes
prévios impulsionam a procura de terapias alternativas seguras. O plasma rico em plaquetas, devido
às suas propriedades anti-inflamatórias, regenerativas e antimicrobianas, é uma alternativa
promissora. Pode ser administrado por via intrauterina, isoladamente ou como complemento aos
tratamentos convencionais, oferecendo uma nova abordagem para o tratamento da endometrite
persistente pós-cobrição/inseminação artificial.
São necessários estudos adicionais para otimizar e uniformizar os protocolos de preparação e
administração do PRP, tornando-o acessível à prática veterinária equina e viável para uso em larga
escala, bem como para avaliar a sua eficácia a longo prazo.
Obstruções Ureterais em Gatos: Abordagem Diagnóstica e Tratamento
Publication . Poret, Élise Michèle Francine; Bento, Maria Carolina Rocha de Medeiros
Os ureteres dos gatos possuem um diâmetro intraluminal extremamente reduzido (0,3 a 0,4
mm), o que os torna particularmente predispostos à ocorrência de obstruções ureterais. A etiologia
mais comum é a ureterolitíase, sendo que cerca de 98% dos urólitos ureterais são compostos por
oxalato de cálcio. A obstrução pode afetar um ou ambos os ureteres, o que tem implicações diretas no
diagnóstico e prognóstico da condição. Os sinais clínicos associados são, na sua maioria, inespecíficos,
dificultando o diagnóstico precoce. Entre os mais comuns destacam-se: letargia, anorexia, vómitos,
poliúria, polidipsia e dor abdominal. Para um diagnóstico definitivo e avaliação prognóstica é essencial
recorrer a exames complementares de diagnóstico, incluindo hematologia (frequentemente revelando
anemia), análises bioquímicas (com evidência de azotémia), urinálise (identificando hematúria, piúria,
bacteriúria e cristalúria) e exames de imagem, como radiografia abdominal e, principalmente,
ecografia, que permite identificar alterações renais e causas obstrutivas, mesmo quando
radiolucentes. A obstrução ureteral, quando não tratada, conduz a lesões renais progressivas e resulta
em insuficiência renal aguda. O plano terapêutico pode ser médico e/ou cirúrgico. O tratamento
médico visa restaurar a função renal através de fluidoterapia, uso de diuréticos, relaxantes do músculo
liso ureteral e antibioterapia, especialmente na presença de infeções urinárias associadas. Nos casos
em que o tratamento médico não é suficiente, recorre-se à intervenção cirúrgica, que pode incluir
técnicas como ureterotomia, ureterostomia, remoção de cálculo com anastomose ou
ureteroneocistostomia. A técnica mais utilizada atualmente é o Subcutaneous Ureteral Bypass (SUB),
que permite a derivação do fluxo urinário contornando o ureter obstruído. Em situações específicas,
como estenoses ureterais, técnicas mais recentes como o Boari flap têm vindo a ser implementadas
com bons resultados. A monitorização rigorosa dos animais afetados é essencial para a deteção
precoce de complicações e para o sucesso do tratamento. A prevenção da recorrência passa,
sobretudo, pela adoção de medidas dietéticas apropriadas que minimizem a formação de cristais
urinários.